Ngày 30 tháng 12 năm 1999, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Chỉ thị số 35/1999/CT-TTg về việc thi hành Luật Doanh nghiệp nhằm bảo đảm thi hành kịp thời, nghiêm túc và thống nhất Luật Doanh nghiệp năm 1999 (có hiệu lực từ ngày 01 tháng 01 năm 2000) trên phạm vi cả nước.

Chỉ thị này áp dụng đối với các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, các tổ chức chính trị - xã hội, các hiệp hội doanh nghiệp và các cơ quan, tổ chức có liên quan trong việc triển khai thi hành Luật Doanh nghiệp.

Tuyên truyền, phổ biến và quán triệt nội dung Luật Doanh nghiệp

• Các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm tổ chức tuyên truyền, phổ biến sâu rộng nội dung của Luật Doanh nghiệp đến các cán bộ, công chức, các doanh nghiệp và mọi tầng lớp nhân dân.
• Mục tiêu của công tác tuyên truyền là làm rõ quyền tự do kinh doanh của công dân theo quy định của pháp luật, xóa bỏ tư duy bao cấp, tạo lập môi trường kinh doanh bình đẳng, thông thoáng và minh bạch cho mọi thành phần kinh tế.

Khẩn trương soạn thảo và ban hành các văn bản hướng dẫn thi hành

• Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành liên quan khẩn trương hoàn thiện và trình Chính phủ ban hành các Nghị định hướng dẫn thi hành Luật Doanh nghiệp đúng thời hạn, bao gồm Nghị định về đăng ký kinh doanh và Nghị định hướng dẫn chi tiết một số điều của Luật Doanh nghiệp.
• Các Bộ quản lý chuyên ngành có trách nhiệm rà soát, soạn thảo các văn bản quy phạm pháp luật thuộc thẩm quyền để hướng dẫn thực hiện các quy định đặc thù của ngành mình phù hợp với tinh thần của Luật Doanh nghiệp.

Rà soát, bãi bỏ các loại giấy phép không phù hợp (giấy phép con)

• Thủ tướng Chính phủ yêu cầu các Bộ, ngành và địa phương tiến hành rà soát toàn bộ các quy định về giấy phép hành nghề, giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh và các loại giấy phép khác đang áp dụng trong phạm vi quản lý.
• Kiên quyết bãi bỏ các loại giấy phép trái với quy định của Luật Doanh nghiệp, gây phiền hà, cản trở cho hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp.
• Chỉ duy trì các loại giấy phép thực sự cần thiết vì lý do quốc phòng, an ninh quốc gia, trật tự, an toàn xã hội, đạo đức xã hội và sức khỏe của cộng đồng theo đúng quy định của pháp luật.

Cải cách thủ tục hành chính và kiện toàn bộ máy đăng ký kinh doanh

• Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương phải chỉ đạo sát sao việc tổ chức lại và nâng cao năng lực của cơ quan đăng ký kinh doanh cấp tỉnh và cấp huyện.
• Đơn giản hóa tối đa quy trình, thủ tục đăng ký kinh doanh, bảo đảm thời hạn cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh đúng theo quy định của Luật Doanh nghiệp, nghiêm cấm việc tự ý đặt ra các điều kiện, thủ tục ngoài quy định.
• Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra, giám sát hoạt động của cơ quan đăng ký kinh doanh và cán bộ, công chức thực thi công vụ, xử lý nghiêm các hành vi nhũng nhiễu, gây khó khăn cho người dân và doanh nghiệp.

Tổ chức thực hiện và chế độ báo cáo

• Bộ Kế hoạch và Đầu tư có trách nhiệm theo dõi, đôn đốc và kiểm tra việc thực hiện Chỉ thị này, định kỳ tổng hợp tình hình báo cáo Thủ tướng Chính phủ.
• Các Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ, Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương chịu trách nhiệm thi hành nghiêm túc các nhiệm vụ được giao tại Chỉ thị này.

Chỉ thị số 35/1999/CT-TTg có hiệu lực thi hành kể từ ngày ký ban hành (ngày 30 tháng 12 năm 1999), đóng vai trò là văn bản chỉ đạo quan trọng tạo tiền đề cho việc triển khai đồng bộ và hiệu quả Luật Doanh nghiệp năm 1999 trên thực tế.