Để tiến tới một nền "Nông nghiệp sạch", giữ cho đất trồng mầu mỡ, cần phải sử dụng hợp lý các loại phân và thuốc hoá học trừ sâu. Dựa trên nguồn tài nguyên dồi dào về than bùn và phốt-pho-rít ở nước ta, cần khuyến khích sử dụng các nguyên liệu này làm chất nền và chất phụ gia để phát triển sản xuất phân bón vi sinh, chế phẩm vi sinh, dùng chúng thay thế dần các loại phân hoá học trong nông nghiệp theo xu hướng chung của thế giới. Việc sản xuất phân bón vi sinh hiện nay còn ở quy mô nhỏ, phân tán, công nghệ sản xuất chưa tiên tiến, không đáp ứng kịp nhu cầu ngày một tăng của sản xuất nông nghiệp. Đồng thời việc mua bán phân bón vi sinh ở trong nước và từ nước ngoài chưa được quản lý chặt chẽ. Do đó, bên cạnh một số loại phân bón vi sinh đạt tiêu chuẩn chất lượng, đáp ứng nhu cầu sản xuất nông nghiệp, ở các vùng khác nhau vẫn còn tồn tại các loại phân bón vi sinh chất lượng kém, phân bón vi sinh giả, không những gây thiệt hại cho người nông dân mà còn ảnh hưởng tiêu cực đến độ phì nhiêu của đất trồng trọt và môi trường sinh thái.

Để chấn chính việc sản xuất, kinh doanh kể cả nhập khẩu các loại phân bón vi sinh, chế phẩm vi sinh theo đúng:

- Pháp lệnh Chất lượng hàng hoá ngày 27 tháng 12 năm 1990.

- Pháp lệnh Chuyển giao công nghệ nước ngoài vào Việt Nam ngày 5 tháng 12 năm 1988.

- Nghị định số 327-HĐBT ngày 19-10-1991 quy định về việc thi hành Pháp lệnh Chất lượng hàng hoá.

- Nghị định số 49-HĐBT ngày 4-3-1991 quy định chi tiết việc thi hành Pháp lệnh chuyển giao công nghệ nước ngoài vào Việt Nam.

Thủ tướng Chính phủ chỉ thị các Bộ, ngành, các địa phương triển khai ngay một số việc sau đây:

1- Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường chủ trì phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Công nghiệp thực phẩm, Liên hiệp các Hội khoa học kỹ thuật Việt Nam, dựa trên tiêu chuẩn quốc tế và điều kiện cụ thể ở Việt Nam quy định tiêu chuẩn phân bón vi sinh, chế phẩm vi sinh sản xuất ở trong nước và nhập khẩu từ nước ngoài vào Việt Nam. Các cơ quan quản lý Nhà nước lấy tiêu chuẩn này làm căn cứ để thanh tra, giám sát và cấp giấy phép nhập khẩu, sản xuất kinh doanh các loại phân bón vi sinh và chế phẩm vi sinh. Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường cần làm xong việc quy định tiêu chuẩn này trong tháng 12 năm 1994.

2- Bộ Nông nghiệp và Công nghiệp thực phẩm (các cơ quan kiểm dịch thực vật và động vật), Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường (Tổng cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng), Bộ Thương mại và Tổng cục Hải quan (các hải quan cửa khẩu) phải phối hợp kiểm tra, giám sát chặt chẽ việc nhập khẩu các loại phân bón vi sinh, chế phẩm vi sinh theo tiêu chuẩn Nhà nước do Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường quy định.

Chỉ cho phép sử dụng tại Việt Nam những loại phân bón vi sinh, chế phẩm vi sinh nhập khẩu, sau khi các sản phẩm này được các cơ quan chức năng kiểm tra kết luận là an toàn đối với con người và môi trường.

3- Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường và các ngành có liên quan thường xuyên giám sát về chất lượng phân bón vi sinh, chế phẩm vi sinh của các cơ sở sản xuất để đảm bảo cung cấp cho người nông dân các loại phân bón vi sinh, chế phẩm vi sinh theo đúng tiêu chuẩn đã quy định. Nghiêm khắc xử lý các tổ chức, cá nhân sản xuất, kinh doanh phân bón vi sinh, chế phẩm vi sinh không chấp hành các quy định của Nhà nước về tiêu chuẩn chất lượng.

4- Bộ Nông nghiệp và Công nghiệp thực phẩm chủ trì phối hợp với Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường, Liên hiệp các Hội Khoa học kỹ thuật Việt Nam hướng dẫn các cơ sở sản xuất tiến hành ngay việc khảo nghiệm đánh giá các loại phân bón vi sinh đang sản xuất và kinh doanh tại Việt Nam về các phương diện sau:

- Thành phần phân bón vi sinh, chế phẩm vi sinh.

- Hiệu quả của các loại phân này đối với sản lượng, chất lượng cây trồng và độ mầu mỡ của đất trồng.

- Ảnh hưởng của các loại phân này đối với con người, các nguồn nước và môi trường sinh thái.

Kinh phí khảo nghiệm do Nhà nước đài thọ một phần, lấy trong kinh phí thường xuyên hàng năm Nhà nước cấp cho các ngành, phần còn lại do cơ sở sản xuất đảm nhận theo quy định của Bộ Tài chính.

5- Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường chủ trì phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Công nghiệp thực phẩm, Bộ Công nghiệp nặng, Liên hiệp các Hội Khoa học kỹ thuật Việt Nam đề ra quy chế về đánh giá trình độ công nghệ sản xuất phân bón vi sinh, chế phẩm vi sinh để có chính sách đầu tư thích hợp, từng bước đưa công nghệ tiên tiến vào sản xuất phân bón vi sinh phục vụ sản xuất nông nghiệp. Dựa trên quy chế này, Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường tiến hành đăng ký công nghệ sản xuất và nhãn hiệu hàng hoá của các cơ sở sản xuất phân bón vi sinh, chế phẩm vi sinh, coi đó là một trong các căn cứ xét duyệt cấp giấy phép sản xuất kinh doanh, đăng ký chất lượng hàng hoá cho các cơ sở sản xuất.

6- Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường chủ trì phối hợp với Bộ Tài chính, ban hành quy chế thẩm định và chuẩn y các hợp đồng chuyển giao công nghệ đối với các sản phẩm mới lần đầu tiên sản xuất ở Việt Nam. Dựa trên quy chế này, các cơ quan quản lý Nhà nước ở địa phương giám sát chặt chẽ các hợp đồng chuyển giao công nghệ sản xuất phân bón vi sinh tại địa phương, bảo đảm phân bón vi sinh có chất lượng đúng tiêu chuẩn quy định, giá thành hạ.