Công văn 1051/GSQL-GQ2 do Cục Giám sát quản lý về Hải quan ban hành năm 2015 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất nhập khẩu. Văn bản tập trung làm rõ các quy định về thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ, mã loại hình khai báo hải quan và quản lý thuế đối với doanh nghiệp chế xuất (DNCX) theo tinh thần của Thông tư 38/2015/TT-BTC.

• Văn bản hướng dẫn chi tiết việc áp dụng mã loại hình nhập khẩu, xuất khẩu đối với hoạt động xuất nhập khẩu tại chỗ giữa doanh nghiệp nội địa và doanh nghiệp chế xuất (DNCX) hoặc giữa các DNCX với nhau.
• Doanh nghiệp cần xác định đúng bản chất của giao dịch mua bán để áp dụng mã loại hình phù hợp (như nhập khẩu kinh doanh, nhập khẩu nguyên liệu sản xuất xuất khẩu hoặc nhập khẩu của DNCX) nhằm đảm bảo tính chính xác trong việc tính thuế và báo cáo quyết toán.
• Quy định rõ thời hạn và thủ tục đăng ký tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ, đảm bảo tính liên tục và đồng bộ giữa tờ khai xuất khẩu và tờ khai nhập khẩu đối ứng.

• Làm rõ thủ tục thanh lý máy móc, thiết bị, phương tiện vận chuyển tạo tài sản cố định của DNCX khi thay đổi mục đích sử dụng hoặc tiêu hủy.
• Hướng dẫn quy trình tiêu hủy nguyên liệu, vật tư dư thừa, phế liệu, phế phẩm của DNCX dưới sự giám sát của cơ quan hải quan, đảm bảo tuân thủ quy định về bảo vệ môi trường và ngăn ngừa gian lận thuế.
• Quy định về việc chuyển đổi mục đích sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế của DNCX sang tiêu thụ nội địa, bao gồm việc kê khai tờ khai hải quan mới và nộp đủ các loại thuế theo quy định tại thời điểm chuyển đổi mục đích sử dụng.

• Hướng dẫn xử lý đối với lượng nguyên liệu, vật tư dư thừa sau khi kết thúc hợp đồng gia công, bao gồm các phương án: bán tại thị trường Việt Nam, chuyển sang hợp đồng gia công khác, tái xuất trả lại cho bên đặt gia công hoặc thực hiện tiêu hủy theo quy định.
• Quy định về việc báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu, yêu cầu doanh nghiệp phải quản lý chặt chẽ lượng tồn kho thực tế so với số liệu khai báo với cơ quan hải quan.

• Cơ quan hải quan địa phương có trách nhiệm hướng dẫn, tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp thực hiện thủ tục nhanh chóng, đồng thời tăng cường công tác kiểm tra sau thông quan để phát hiện và xử lý nghiêm các hành vi gian lận thương mại.
• Doanh nghiệp có trách nhiệm khai báo trung thực, đầy đủ và chính xác các thông tin trên tờ khai hải quan, lưu trữ đầy đủ chứng từ, sổ sách kế toán để phục vụ công tác kiểm tra, thanh tra của cơ quan chức năng khi có yêu cầu.