Công văn 1096/TCHQ-TXNK do Tổng cục Hải quan ban hành nhằm giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện thủ tục thanh khoản, hoàn thuế đối với trường hợp doanh nghiệp sử dụng tờ khai hải quan bản sao (tờ khai sao) trong hồ sơ. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng giúp thống nhất quy trình xử lý tại các cục hải quan địa phương, đảm bảo quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp đồng thời phòng chống gian lận thuế.

1. Nguyên tắc sử dụng tờ khai hải quan bản sao trong hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế

Theo hướng dẫn của Tổng cục Hải quan, việc chấp nhận tờ khai hải quan bản sao trong hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế hoặc thanh khoản phải tuân thủ các nguyên tắc chặt chẽ sau:

• Doanh nghiệp chỉ được sử dụng tờ khai sao khi có lý do chính đáng và được cơ quan hải quan chấp thuận theo quy định của pháp luật.
• Bản sao tờ khai hải quan phải được sao chụp từ bản chính (bản lưu người khai hải quan hoặc bản lưu cơ quan hải quan) và phải có xác nhận, đóng dấu sao y bản chính của thủ trưởng doanh nghiệp hoặc người được ủy quyền hợp pháp.
• Cơ quan hải quan tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm đối chiếu thông tin trên tờ khai sao với dữ liệu trên hệ thống thông tin điện tử của ngành hải quan hoặc bản lưu tại chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai.

2. Quy trình kiểm tra và đối chiếu của cơ quan hải quan

Để đảm bảo tính chính xác và ngăn ngừa việc lợi dụng tờ khai sao để hoàn thuế nhiều lần, Tổng cục Hải quan yêu cầu các đơn vị thực hiện quy trình kiểm tra nghiêm ngặt:

• Kiểm tra tính hợp lệ của hồ sơ: Công chức hải quan kiểm tra tính pháp lý của văn bản giải trình từ phía doanh nghiệp về lý do không có tờ khai bản chính (ví dụ: bị thất lạc, bị cơ quan chức năng khác thu giữ).
• Đối chiếu dữ liệu hệ thống: Thực hiện đối chiếu toàn bộ thông tin trên tờ khai sao (như tên hàng, số lượng, trị giá, thuế suất, số tiền thuế đã nộp) với dữ liệu trên hệ thống kế toán thuế tập trung và hệ thống thông tin hải quan.
• Xác minh thực tế nộp thuế: Xác nhận thông tin nộp tiền thuế, lệ phí của tờ khai hải quan tương ứng tại kho bạc nhà nước hoặc ngân hàng thương mại phối hợp thu để đảm bảo nghĩa vụ tài chính đã được hoàn thành đầy đủ.

3. Xử lý các trường hợp vướng mắc cụ thể

Công văn hướng dẫn chi tiết cách giải quyết đối với một số trường hợp đặc thù khi doanh nghiệp nộp tờ khai sao:

• Trường hợp tờ khai hải quan bản chính bị mất do nguyên nhân bất khả kháng (thiên tai, hỏa hoạn, tai nạn): Doanh nghiệp phải có văn bản xác nhận của cơ quan chức năng có thẩm quyền (như công an, chính quyền địa phương) kèm theo hồ sơ giải trình chi tiết.
• Trường hợp tờ khai bản chính đang được lưu giữ tại cơ quan thanh tra, kiểm tra hoặc cơ quan điều tra: Doanh nghiệp phải cung cấp biên bản bàn giao tài liệu hoặc văn bản xác nhận của cơ quan đang thụ lý hồ sơ.
• Nếu phát hiện có sự sai lệch thông tin giữa tờ khai sao và dữ liệu trên hệ thống của ngành hải quan, cơ quan hải quan sẽ tạm dừng quá trình xử lý thanh khoản, hoàn thuế để tiến hành thanh tra, kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp.

4. Trách nhiệm của doanh nghiệp và cơ quan hải quan địa phương

Văn bản phân định rõ trách nhiệm của các bên nhằm nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước về thuế và hải quan:

• Đối với doanh nghiệp: Chịu trách nhiệm hoàn toàn trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của các chứng từ, tờ khai sao nộp trong hồ sơ hoàn thuế, thanh khoản. Mọi hành vi gian lận, giả mạo hồ sơ sẽ bị xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật hình sự và pháp luật quản lý thuế.
• Đối với Cục Hải quan các tỉnh, thành phố: Chỉ đạo các Chi cục Hải quan trực thuộc thực hiện đúng hướng dẫn, không tự ý đặt ra các thủ tục rườm rà gây khó khăn cho doanh nghiệp, đồng thời tăng cường công tác hậu kiểm đối với các hồ sơ sử dụng tờ khai sao để kịp thời phát hiện và xử lý các sai phạm.