Công văn 1200/TCHQ-TXNK năm 2015 do Tổng cục Hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng về việc thực hiện miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa tạo tài sản cố định của các dự án thuộc diện ưu đãi đầu tư. Văn bản này giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan, đăng ký danh mục hàng hóa miễn thuế và kiểm tra sau thông quan đối với các dự án ưu đãi đầu tư theo quy định của pháp luật thuế và đầu tư tại thời điểm ban hành.

- Quy định về đối tượng và điều kiện hưởng ưu đãi miễn thuế nhập khẩu

Công văn làm rõ các tiêu chí để dự án đầu tư được hưởng ưu đãi miễn thuế nhập khẩu đối với thiết bị, máy móc và phương tiện vận tải chuyên dùng tạo tài sản cố định:

• Dự án phải thuộc lĩnh vực ưu đãi đầu tư hoặc địa bàn ưu đãi đầu tư theo quy định tại Danh mục phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 87/2010/NĐ-CP và các văn bản pháp luật về đầu tư liên quan.
• Hàng hóa nhập khẩu phải nằm trong danh mục tạo tài sản cố định của dự án, đáp ứng các tiêu chuẩn kỹ thuật và mục đích sử dụng trực tiếp cho hoạt động của dự án đầu tư đó.
• Chủ đầu tư phải thực hiện đầy đủ các thủ tục đăng ký danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế trước khi tiến hành nhập khẩu lô hàng đầu tiên của dự án.

- Thủ tục đăng ký Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế (DMHHMT)

Tổng cục Hải quan hướng dẫn chi tiết về thẩm quyền và quy trình tiếp nhận, giải quyết hồ sơ đăng ký danh mục hàng hóa miễn thuế:

• Nơi đăng ký: Chủ đầu tư thực hiện đăng ký Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế tại Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi thực hiện dự án hoặc nơi có trụ sở chính của dự án (đối với các dự án trải dài trên nhiều tỉnh hoặc dự án được thực hiện ở địa bàn không có cơ quan hải quan).
• Hồ sơ đăng ký bao gồm: Công văn đề nghị đăng ký danh mục hàng hóa miễn thuế, bản đăng ký danh mục hàng hóa kèm theo phiếu theo dõi trừ lùi, Giấy chứng nhận đầu tư (bản sao có chứng thực) và các tài liệu kỹ thuật liên quan chứng minh hàng hóa nhập khẩu phù hợp với mục tiêu, quy mô của dự án.
• Cơ quan hải quan có trách nhiệm kiểm tra tính hợp lệ của hồ sơ, đối chiếu quy mô dự án với danh mục hàng hóa đăng ký để phê duyệt hoặc từ chối có nêu rõ lý do trong thời hạn quy định.

- Xử lý các trường hợp thay đổi thông tin dự án và chuyển nhượng tài sản

Công văn 1200/TCHQ-TXNK đưa ra hướng dẫn cụ thể đối với các trường hợp có sự thay đổi trong quá trình thực hiện dự án:

• Trường hợp dự án có sự thay đổi về quy mô, mục tiêu hoặc chủ đầu tư (chuyển nhượng dự án), chủ đầu tư mới hoặc chủ đầu tư hiện tại phải thực hiện thủ tục điều chỉnh Giấy chứng nhận đầu tư và đăng ký điều chỉnh, bổ sung Danh mục hàng hóa miễn thuế với cơ quan hải quan.
• Đối với hàng hóa đã được miễn thuế nhập khẩu nhưng sau đó chuyển đổi mục đích sử dụng, thanh lý hoặc chuyển nhượng cho đối tượng khác không thuộc diện ưu đãi thuế, doanh nghiệp phải kê khai và nộp đủ thuế nhập khẩu theo trị giá tính thuế và thuế suất tại thời điểm thay đổi mục đích sử dụng.
• Trường hợp chuyển nhượng nguyên trạng dự án ưu đãi đầu tư cho chủ đầu tư mới tiếp tục thực hiện dự án, hàng hóa tạo tài sản cố định đã miễn thuế được tiếp tục miễn thuế nếu chủ đầu tư mới đáp ứng đầy đủ các điều kiện ưu đãi đầu tư theo quy định.

- Công tác quản lý, kiểm tra và báo cáo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế

Để đảm bảo việc sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế đúng mục đích, Tổng cục Hải quan yêu cầu các đơn vị hải quan địa phương tăng cường công tác quản lý sau thông quan:

• Doanh nghiệp nhập khẩu hàng hóa miễn thuế có trách nhiệm báo cáo định kỳ về tình hình sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế cho cơ quan hải quan nơi đăng ký danh mục theo quy định pháp luật.
• Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra thực tế việc quản lý, sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế tại trụ sở, nhà xưởng của doanh nghiệp nhằm phát hiện và xử lý kịp thời các hành vi tự ý tẩu tán, chuyển nhượng hoặc sử dụng sai mục đích hàng hóa đã được miễn thuế.
• Các trường hợp vi phạm về sử dụng hàng hóa miễn thuế sẽ bị truy thu thuế, xử phạt vi phạm hành chính về hải quan hoặc chuyển cơ quan chức năng xử lý theo quy định của pháp luật tùy theo mức độ vi phạm.