Công văn 1269/TCHQ-KTTT do Tổng cục Hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng liên quan đến thủ tục miễn thuế nhập khẩu. Văn bản này nhằm thống nhất quy trình thực hiện, tháo gỡ các vướng mắc phát sinh trong quá trình áp dụng chính sách ưu đãi thuế, đồng thời nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước đối với hàng hóa nhập khẩu thuộc diện miễn thuế.

Đối tượng và điều kiện áp dụng miễn thuế nhập khẩu

• Hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định của đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư, bao gồm máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải chuyên dùng và linh kiện, chi tiết, bộ phận rời đi kèm.
• Nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong nước chưa sản xuất được nhập khẩu để phục vụ hoạt động sản xuất của các dự án đầu tư thuộc danh mục ngành nghề đặc biệt ưu đãi đầu tư hoặc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn.
• Hàng hóa nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho hoạt động nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ, giáo dục và đào tạo trong nước.
• Các trường hợp miễn thuế khác theo điều ước quốc tế mà Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam là thành viên hoặc theo quyết định cụ thể của Thủ tướng Chính phủ.

Quy trình và thủ tục thực hiện miễn thuế

• Thông báo Danh mục hàng hóa miễn thuế: Người nộp thuế phải thực hiện thông báo Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế (Danh mục miễn thuế) với cơ quan hải quan trước khi đăng ký tờ khai hải quan hàng hóa nhập khẩu đầu tiên.
• Hồ sơ thông báo Danh mục miễn thuế: Bao gồm công văn đề nghị, danh mục hàng hóa đề nghị miễn thuế kèm theo phiếu theo dõi trừ lùi, bản dịch tiếng Việt đối với các tài liệu kỹ thuật liên quan, và các giấy tờ chứng minh quyền sở hữu, quyền sử dụng hợp pháp dự án đầu tư.
• Địa điểm nộp hồ sơ: Người nộp thuế nộp hồ sơ thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan hải quan hoặc nộp trực tiếp tại Cục Hải quan nơi quản lý dự án hoặc nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính.

Trách nhiệm của cơ quan hải quan và người nộp thuế

• Trách nhiệm của người nộp thuế: Tự khai, tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của các thông tin, tài liệu đã cung cấp. Sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế đúng mục đích đã đăng ký. Trường hợp thay đổi mục đích sử dụng phải kê khai, nộp đủ thuế và thực hiện thủ tục hải quan mới trước khi tự ý chuyển nhượng hoặc thay đổi mục đích.
• Trách nhiệm của cơ quan hải quan: Thực hiện tiếp nhận, kiểm tra đối chiếu hồ sơ của doanh nghiệp trên hệ thống dữ liệu. Tiến hành kiểm tra thực tế việc sử dụng hàng hóa miễn thuế tại cơ sở sản xuất hoặc dự án của doanh nghiệp theo nguyên tắc quản lý rủi ro nhằm ngăn chặn hành vi trục lợi chính sách.

Chế độ báo cáo và kiểm tra sau thông quan

• Doanh nghiệp có nghĩa vụ gửi báo cáo tình hình sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế định kỳ hàng năm cho cơ quan hải quan nơi tiếp nhận Danh mục miễn thuế trong thời hạn quy định.
• Cơ quan hải quan tăng cường công tác kiểm tra sau thông quan, thanh tra chuyên ngành đối với các doanh nghiệp có lượng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế lớn hoặc có dấu hiệu rủi ro cao nhằm đảm bảo tính nghiêm minh của pháp luật thuế.