Công văn 1335/TCHQ-TXNK do Tổng cục Hải quan ban hành năm 2018 là văn bản hướng dẫn quan trọng gửi Cục Hải quan các tỉnh, thành phố nhằm giải quyết việc hoàn trả thuế tự vệ tạm thời đối với mặt hàng phân bón DAP và MAP nhập khẩu. Văn bản này đưa ra các chỉ dẫn cụ thể giúp cơ quan hải quan địa phương và doanh nghiệp thực hiện thống nhất, đúng quy định của pháp luật về quản lý thuế và phòng vệ thương mại.

Công văn xác định rõ các đối tượng và trường hợp cụ thể được áp dụng chính sách hoàn trả thuế tự vệ nộp thừa, bao gồm:

• Trường hợp chênh lệch giữa thuế tạm thời và thuế chính thức: Khi mức thuế tự vệ chính thức do Bộ Công Thương ban hành thấp hơn mức thuế tự vệ tạm thời mà doanh nghiệp đã nộp trước đó, doanh nghiệp nhập khẩu sẽ được hoàn trả phần chênh lệch thuế nộp thừa theo quy định.
• Trường hợp được miễn trừ áp dụng biện pháp tự vệ: Đối với các doanh nghiệp nhập khẩu phân bón DAP và MAP được Bộ Công Thương cấp Quyết định miễn trừ áp dụng biện pháp tự vệ, số tiền thuế tự vệ tạm thời đã nộp đối với lượng hàng hóa được miễn trừ sẽ được cơ quan hải quan thực hiện hoàn trả toàn bộ.

Để đảm bảo việc hoàn trả thuế được thực hiện chính xác và nhanh chóng, Tổng cục Hải quan hướng dẫn quy trình xử lý hồ sơ như sau:

• Nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế: Doanh nghiệp thuộc đối tượng được hoàn thuế chuẩn bị và nộp hồ sơ đề nghị hoàn trả tiền thuế tự vệ nộp thừa trực tiếp tại Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu hàng hóa.
• Thành phần hồ sơ yêu cầu: Doanh nghiệp cần cung cấp đầy đủ các chứng từ pháp lý liên quan bao gồm: Văn bản đề nghị hoàn thuế (nêu rõ lý do và số tiền thuế đề nghị hoàn), tờ khai hải quan nhập khẩu, chứng từ nộp thuế tự vệ tạm thời, và Quyết định miễn trừ áp dụng biện pháp tự vệ của Bộ Công Thương (nếu áp dụng cho trường hợp miễn trừ).
• Trách nhiệm kiểm tra của cơ quan hải quan: Chi cục Hải quan tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm kiểm tra tính hợp lệ, đối chiếu kỹ lưỡng số liệu thuế đã nộp trên hệ thống kế toán thuế tập trung của ngành Hải quan để thực hiện hoàn trả tiền thuế cho doanh nghiệp đúng thời hạn quy định, tránh gây chậm trễ.

Tổng cục Hải quan yêu cầu các đơn vị hải quan địa phương nghiêm túc triển khai các nội dung sau để hỗ trợ tối đa cho doanh nghiệp:

• Chủ động thông báo và hướng dẫn: Các Cục Hải quan tỉnh, thành phố cần chủ động rà soát, thông báo và hướng dẫn các doanh nghiệp nhập khẩu phân bón DAP, MAP thuộc diện được hoàn thuế khẩn trương hoàn thiện hồ sơ để giải quyết quyền lợi hợp pháp.
• Giải quyết vướng mắc phát sinh: Trong quá trình thực hiện, nếu phát sinh vướng mắc vượt thẩm quyền, các đơn vị hải quan địa phương phải kịp thời báo cáo về Tổng cục Hải quan (Cục Thuế xuất nhập khẩu) để được hướng dẫn, chỉ đạo giải quyết kịp thời.