Công văn 14386/CT-TTHT do Cục Thuế thành phố Hà Nội ban hành năm 2019 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng liên quan đến việc kê khai bổ sung đối với các hóa đơn giá trị gia tăng (GTGT) bị bỏ sót. Văn bản này giúp doanh nghiệp và người nộp thuế xác định rõ quyền lợi và nghĩa vụ thuế, tránh các rủi ro pháp lý trong quá trình kê khai, khấu trừ và nộp thuế GTGT.

- Quy định về kê khai, khấu trừ hóa đơn GTGT đầu vào bị bỏ sót

• Thời điểm kê khai: Đối với các hóa đơn GTGT đầu vào bị bỏ sót (chưa thực hiện kê khai), người nộp thuế được phép kê khai, khấu trừ bổ sung vào kỳ tính thuế phát hiện hóa đơn bỏ sót đó.
• Điều kiện về thời gian: Việc kê khai bổ sung hóa đơn đầu vào bị bỏ sót phải được thực hiện trước khi cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra thuế, kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế.
• Phương thức kê khai: Người nộp thuế thực hiện kê khai trực tiếp hóa đơn đầu vào bị bỏ sót vào chỉ tiêu tương ứng trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai sót (không lập tờ khai bổ sung KHBS cho kỳ phát sinh hóa đơn).

- Quy định về xử lý hóa đơn GTGT đầu ra bị bỏ sót

• Nguyên tắc kê khai bổ sung: Đối với hóa đơn GTGT đầu ra bị bỏ sót, người nộp thuế không được kê khai vào kỳ phát hiện mà bắt buộc phải thực hiện kê khai bổ sung, điều chỉnh vào kỳ tính thuế phát sinh hóa đơn đó (kỳ phát sinh doanh thu và nghĩa vụ thuế).
• Xử lý chênh lệch thuế và tiền chậm nộp: Trường hợp việc kê khai bổ sung hóa đơn đầu ra dẫn đến phát sinh tăng số thuế GTGT phải nộp hoặc giảm số thuế GTGT được khấu trừ chuyển kỳ sau, doanh nghiệp phải tự xác định số tiền thuế tăng thêm, nộp đủ tiền thuế thiếu vào ngân sách nhà nước và tự tính tiền chậm nộp theo quy định.
• Rủi ro xử phạt hành chính: Việc chậm trễ kê khai hóa đơn đầu ra có thể dẫn đến hành vi khai sai làm thiếu số tiền thuế phải nộp và bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo quy định của pháp luật quản lý thuế.

- Các lưu ý quan trọng đối với người nộp thuế khi thực hiện kê khai bổ sung

• Mốc thời gian thanh tra, kiểm tra: Quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp là ranh giới pháp lý quyết định việc chấp nhận hóa đơn đầu vào bỏ sót. Sau khi đã có quyết định này, các hóa đơn đầu vào bỏ sót thuộc kỳ thanh tra, kiểm tra sẽ không được chấp nhận khấu trừ hoặc hoàn thuế.
• Điều kiện khấu trừ hợp lệ: Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót khi đưa vào kê khai bổ sung vẫn phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện khấu trừ thuế GTGT theo quy định, bao gồm: hóa đơn hợp pháp, có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các hóa đơn có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên, và hàng hóa dịch vụ mua vào phải phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh hàng hóa dịch vụ chịu thuế GTGT.
• Trách nhiệm giải trình: Người nộp thuế chịu trách nhiệm hoàn toàn trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của số liệu kê khai bổ sung và các chứng từ, hóa đơn liên quan khi cơ quan thuế thực hiện thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp.