Công văn 1560/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành nhằm giải quyết các vướng mắc liên quan đến chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT), đặc biệt tập trung vào hướng dẫn điều kiện khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với các dự án đầu tư và việc thực hiện nghĩa vụ thuế của các đơn vị phụ thuộc. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng giúp các doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương thống nhất thực hiện đúng quy định pháp luật hiện hành.

Nguyên tắc khấu trừ và hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

Tổng cục Thuế làm rõ các điều kiện cơ bản để doanh nghiệp được áp dụng chính sách hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư mới:

• Doanh nghiệp nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh thì được hoàn thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư.
• Số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào dùng cho đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sẽ được xem xét hoàn thuế theo quy định.
• Dự án đầu tư phải được thực hiện theo đúng tiến độ, được cấp phép bởi cơ quan nhà nước có thẩm quyền và đáp ứng đầy đủ các điều kiện về hồ sơ, chứng từ, hóa đơn mua vào hợp pháp.

Quy định hoàn thuế GTGT đối với chi nhánh và đơn vị phụ thuộc

Văn bản hướng dẫn chi tiết phương án xử lý thuế GTGT đối với trường hợp dự án đầu tư được thực hiện bởi chi nhánh hoặc đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp:

• Trường hợp chi nhánh phụ thuộc trực tiếp quản lý dự án đầu tư, có con dấu riêng, tài khoản tiền gửi ngân hàng riêng và thực hiện khai thuế GTGT riêng thì chi nhánh được lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT độc lập đối với dự án đầu tư đó.
• Trường hợp chi nhánh không trực tiếp quản lý dự án hoặc không đáp ứng đủ điều kiện khai thuế riêng, việc kê khai, bù trừ và đề nghị hoàn thuế GTGT của dự án đầu tư sẽ do trụ sở chính của doanh nghiệp thực hiện tập trung.
• Doanh nghiệp phải đảm bảo việc phân bổ và kê khai thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chính xác, tuyệt đối không để xảy ra tình trạng kê khai trùng lặp giữa trụ sở chính và các chi nhánh phụ thuộc.

Các trường hợp không được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

Tổng cục Thuế lưu ý các trường hợp doanh nghiệp không được áp dụng chính sách hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư, bao gồm:

• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật về doanh nghiệp.
• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa đáp ứng đủ điều kiện kinh doanh hoặc chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành nghề có điều kiện theo quy định của Luật Đầu tư.
• Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên.

Hướng dẫn thực hiện cho cơ quan thuế địa phương

Để đảm bảo tính thống nhất và hạn chế rủi ro thất thu ngân sách nhà nước, Tổng cục Thuế yêu cầu các Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương triển khai các nội dung sau:

• Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra trước và sau hoàn thuế GTGT đối với các dự án đầu tư có dấu hiệu rủi ro cao về thuế và hóa đơn.
• Hướng dẫn người nộp thuế hoàn thiện hồ sơ, chứng minh quyền sử dụng đất, giấy phép xây dựng và các giấy tờ pháp lý liên quan đến dự án đầu tư để làm cơ sở giải quyết hoàn thuế nhanh chóng, đúng đối tượng.
• Kịp thời tổng hợp và báo cáo Tổng cục Thuế những vướng mắc phát sinh vượt quá thẩm quyền giải quyết trong quá trình áp dụng luật thuế GTGT tại địa phương để được hướng dẫn xử lý kịp thời.