Kính gửi: Cục Hải quan Thành phố Hồ Chí Minh.

Tổng cục Hải quan nhận được công văn số 346/HQHCM-TXNK ngày 5/2/2018 của Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh, đề nghị hướng dẫn về việc khai bổ sung, hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu là máy móc, thiết bị phục vụ nông nghiệp do nộp thừa. Về vấn đề này, Tổng cục Hải quan có ý kiến như sau:

Bộ Tài chính có công văn số 16659/BTC-TCT ngày 22/11/2016 và công văn số 3233/BTC-TCT ngày 13/3/2017, hướng dẫn về thuế GTGT đối với hàng hóa là máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp.

Theo đó, tại Điểm 3 công văn số 16659/BTC-TCT và điểm 1 công văn số 3233/BTC-TCT đã hướng dẫn về việc xử lý thuế GTGT đối với các trường hợp doanh nghiệp đã kê khai, tính, nộp thuế GTGT; kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với các loại máy, thiết bị chuyên dùng cho sản xuất nông nghiệp thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Căn cứ các văn bản nêu trên thì trường hợp doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào thì không được điều chỉnh lại.

Đề nghị Cục Hải quan Thành phố Hồ Chí Minh đối chiếu từng trường hợp của các mặt hàng nhập khẩu phục vụ sản xuất nông nghiệp với hàng hóa nêu tại điểm 1, 2 của công văn số 16659/BTC-TCT và điểm 1 công văn số 3233/BTC-TCT nêu trên để xử lý về thuế GTGT theo đúng quy định.

Trường hợp doanh nghiệp được cơ quan thuế xác nhận doanh nghiệp chưa kê khai khấu trừ, chưa làm thủ tục hoàn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu thuộc tờ khai hải quan cụ thể là máy móc, thiết bị chuyên dùng cho sản xuất nông nghiệp, không thuộc điểm 3 của công văn số 16659/BTC-TCT thì thực hiện thủ tục hoàn trả thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa tại cơ quan hải quan theo hướng dẫn tại Điều 49 và Khoản 4 Điều 132 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính và công văn số 18304/BTC-TCHQ ngày 16/12/2014 của Bộ Tài chính.

Tổng cục Hải quan có ý kiến để Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh biết, thực hiện./.