Công văn 1686/TCT-CS được Tổng cục Thuế ban hành nhằm hướng dẫn và giải quyết các vướng mắc liên quan đến chính sách thuế Giá trị gia tăng (GTGT), trọng tâm là quy định về hoàn thuế GTGT đối với các dự án đầu tư của doanh nghiệp. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng giúp các Cục Thuế địa phương và người nộp thuế thực hiện thống nhất theo quy định của Luật thuế GTGT hiện hành.

1. Điều kiện và đối tượng được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

Văn bản làm rõ các tiêu chí xác định đối tượng được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư mới, cụ thể như sau:

• Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn hoặc dự án đầu tư phân kỳ) tại cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính.
• Dự án đầu tư phải đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh và chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế.
• Số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào dùng cho đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được xem xét hoàn thuế GTGT.

2. Các trường hợp không được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

Tổng cục Thuế lưu ý các cơ quan thuế địa phương về các trường hợp không áp dụng hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư theo quy định pháp luật, bao gồm:

• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật về doanh nghiệp.
• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư.
• Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/07/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.

3. Hướng dẫn kê khai và bù trừ thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư

Công văn hướng dẫn chi tiết phương thức kê khai và xử lý số thuế GTGT đầu vào phát sinh trong quá trình đầu tư:

• Người nộp thuế phải kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư trên tờ khai thuế GTGT dành riêng cho dự án đầu tư (Mẫu số 02/GTGT).
• Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư tại tỉnh, thành phố khác với nơi đóng trụ sở chính thì phải nộp hồ sơ khai thuế cho cơ quan thuế nơi có dự án đầu tư.
• Trước khi thực hiện hoàn thuế, số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư phải được bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện tại trụ sở chính (nếu có). Sau khi bù trừ, nếu số thuế GTGT còn lại của dự án đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì mới được hoàn thuế.

4. Tổ chức thực hiện và trách nhiệm của cơ quan thuế địa phương

Để đảm bảo tính nhất quán và đúng pháp luật trong công tác quản lý thuế, Tổng cục Thuế yêu cầu:

• Các Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm phổ biến, hướng dẫn các doanh nghiệp, tổ chức trên địa bàn thực hiện đúng theo nội dung hướng dẫn tại Công văn này.
• Trong quá trình thực hiện, nếu phát sinh vướng mắc vượt quá thẩm quyền hoặc có các trường hợp đặc thù, các Cục Thuế cần kịp thời báo cáo về Tổng cục Thuế để được xem xét, giải quyết cụ thể cho từng trường hợp.