Tóm tắt Công văn 2087/TCT-KK về hoàn thuế giá trị gia tăng nộp thừa ở khâu nhập khẩu

Công văn 2087/TCT-KK do Tổng cục Thuế ban hành nhằm hướng dẫn và làm rõ thẩm quyền, thủ tục giải quyết hoàn trả tiền thuế giá trị gia tăng (GTGT) nộp thừa tại khâu nhập khẩu. Đây là văn bản quan trọng giúp tháo gỡ vướng mắc cho doanh nghiệp và thống nhất quy trình phối hợp giữa cơ quan Thuế và cơ quan Hải quan.

Thẩm quyền giải quyết hoàn trả tiền thuế nộp thừa

Công văn xác định rõ cơ quan có thẩm quyền tiếp nhận và xử lý hồ sơ hoàn trả tiền thuế GTGT nộp thừa ở khâu nhập khẩu dựa trên tình trạng kê khai của người nộp thuế:

• Trường hợp thuộc thẩm quyền của cơ quan Hải quan: Cơ quan Hải quan có trách nhiệm tiếp nhận, kiểm tra và quyết định hoàn trả số tiền thuế GTGT nộp thừa ở khâu nhập khẩu đối với các trường hợp người nộp thuế nộp nhầm, nộp thừa tại khâu nhập khẩu và chưa thực hiện kê khai, khấu trừ với cơ quan Thuế quản lý trực tiếp.
• Trường hợp thuộc thẩm quyền của cơ quan Thuế: Nếu người nộp thuế đã kê khai, khấu trừ số thuế GTGT nộp thừa ở khâu nhập khẩu với cơ quan Thuế trực tiếp quản lý, việc xử lý hoàn thuế hoặc bù trừ nghĩa vụ thuế sẽ do cơ quan Thuế thực hiện theo quy định của pháp luật về quản lý thuế hiện hành.

Nguyên tắc xử lý và cơ chế phối hợp giữa các cơ quan

Để tránh việc hoàn thuế trùng lặp hoặc bỏ sót, Công văn đưa ra các nguyên tắc phối hợp chặt chẽ giữa hai cơ quan quản lý:

• Nguyên tắc một cửa và không trùng lặp: Người nộp thuế chỉ được lựa chọn một trong hai phương thức xử lý: hoặc đề nghị cơ quan Hải quan hoàn trả trực tiếp số thuế nộp thừa, hoặc đưa vào kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào tại cơ quan Thuế. Không được đồng thời áp dụng cả hai phương thức cho cùng một khoản thuế nộp thừa.
• Cơ chế đối chiếu dữ liệu: Cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế có trách nhiệm trao đổi thông tin, đối chiếu dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế tập trung để xác định chính xác trạng thái của khoản thuế GTGT nộp thừa (đã kê khai khấu trừ hay chưa) trước khi ban hành quyết định hoàn trả.
• Xử lý hành vi trục lợi: Trường hợp phát hiện người nộp thuế vừa được cơ quan Hải quan hoàn trả tiền thuế nộp thừa, vừa kê khai khấu trừ hoặc hoàn thuế tại cơ quan Thuế, các cơ quan sẽ phối hợp thực hiện truy thu, tính tiền chậm nộp và xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế.

Hướng dẫn quy trình thực hiện đối với người nộp thuế

Doanh nghiệp cần lưu ý các bước sau khi phát sinh khoản thuế GTGT nộp thừa ở khâu nhập khẩu để đảm bảo thực hiện đúng quy định:

• Bước 1: Kiểm tra trạng thái kê khai: Doanh nghiệp cần rà soát kỹ sổ sách kế toán và tờ khai thuế GTGT (Mẫu 01/GTGT) đã nộp cho cơ quan Thuế để xác định khoản thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu đã được đưa vào chỉ tiêu thuế GTGT đầu vào được khấu trừ hay chưa.
• Bước 2: Lựa chọn phương án xử lý phù hợp:
  • Nếu chưa kê khai khấu trừ: Doanh nghiệp lập hồ sơ đề nghị hoàn trả tiền thuế nộp thừa gửi đến cơ quan Hải quan nơi mở tờ khai hải quan để được giải quyết hoàn trả trực tiếp.
  • Nếu đã kê khai khấu trừ: Doanh nghiệp tiếp tục thực hiện bù trừ vào số thuế GTGT phải nộp của các kỳ tính thuế tiếp theo. Trường hợp sau khi bù trừ mà vẫn đủ điều kiện hoàn thuế GTGT theo quy định của pháp luật thuế GTGT, doanh nghiệp lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi cơ quan Thuế quản lý trực tiếp.