Công văn 2163/TCHQ-KTTT do Tổng cục Hải quan ban hành nhằm hướng dẫn và thống nhất thực hiện việc xử lý hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế đối với các trường hợp người nộp thuế nộp hồ sơ quá thời hạn quy định pháp luật.

Văn bản này áp dụng đối với cơ quan hải quan các cấp, công chức hải quan thực hiện công tác kiểm tra, giải quyết hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế và các doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân tham gia hoạt động xuất nhập khẩu có phát sinh nghĩa vụ thuế nhưng nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế, không thu thuế chậm trễ so với thời hạn quy định.

- Nguyên tắc xử lý hồ sơ hoàn thuế nộp quá thời hạn quy định

• Đối với các hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế nộp quá thời hạn quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế và hải quan, cơ quan hải quan không tự ý bác bỏ quyền lợi của doanh nghiệp mà phải tiến hành kiểm tra, đối chiếu kỹ lưỡng các điều kiện thực tế.
• Việc chậm trễ nộp hồ sơ không làm mất đi quyền được hoàn thuế hoặc không thu thuế của người nộp thuế, miễn là doanh nghiệp chứng minh được hàng hóa thực tế đáp ứng đầy đủ các điều kiện miễn, giảm, hoàn thuế theo quy định của pháp luật hải quan.

- Áp dụng quy định về tiền thuế nộp thừa để giải quyết hoàn thuế

• Trường hợp người nộp thuế nộp hồ sơ hoàn thuế quá thời hạn nhưng số tiền thuế đã nộp được xác định là tiền thuế nộp thừa theo quy định tại Điều 60 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, cơ quan hải quan sẽ thực hiện thủ tục hoàn trả tiền thuế nộp thừa cho người nộp thuế.
• Thời hạn để người nộp thuế được xử lý hoàn trả tiền thuế nộp thừa tối đa là 05 năm kể từ ngày nộp tiền thuế vào ngân sách nhà nước. Quá thời hạn 05 năm này, số tiền thuế nộp thừa sẽ không được hoàn trả hoặc thực hiện bù trừ dưới bất kỳ hình thức nào.

- Xử phạt vi phạm hành chính đối với hành vi nộp hồ sơ chậm trễ

• Mặc dù doanh nghiệp vẫn được xem xét giải quyết hoàn thuế hoặc xử lý tiền thuế nộp thừa, hành vi nộp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế quá thời hạn quy định vẫn bị coi là hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan.
• Cơ quan hải quan nơi tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm lập biên bản vi phạm hành chính và ban hành quyết định xử phạt đối với hành vi chậm nộp hồ sơ theo đúng các quy định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan hiện hành.

- Trách nhiệm của cơ quan hải quan địa phương trong công tác quản lý

• Cục Hải quan các tỉnh, thành phố có trách nhiệm chỉ đạo sát sao các Chi cục Hải quan trực thuộc thực hiện rà soát, kiểm tra hồ sơ chặt chẽ, đảm bảo tính chính xác, trung thực của thông tin do doanh nghiệp cung cấp, tránh tình trạng lợi dụng chính sách để trục lợi hoặc gây thất thoát ngân sách nhà nước.
• Đảm bảo việc tiếp nhận, phân loại và giải quyết hồ sơ hoàn thuế đúng trình tự, thủ tục và thời hạn quy định sau khi người nộp thuế đã hoàn thành việc nộp phạt vi phạm hành chính (nếu có).

Công văn 2163/TCHQ-KTTT có hiệu lực hướng dẫn thực hiện ngay từ ngày ban hành, là căn cứ pháp lý quan trọng giúp tháo gỡ vướng mắc cho các đơn vị hải quan địa phương và đảm bảo quyền lợi hợp pháp cho cộng đồng doanh nghiệp xuất nhập khẩu.