Công văn 2428/TCT-TNCN năm 2018 do Tổng cục Thuế ban hành hướng dẫn chi tiết về chính sách thuế thu nhập cá nhân (TNCN) đối với các cá nhân tham gia thực hiện các Đề án cấp quốc gia có sử dụng nguồn kinh phí từ ngân sách Nhà nước. Đây là văn bản hướng dẫn quan trọng giúp các tổ chức, cá nhân xác định rõ các khoản thu nhập được miễn thuế và các khoản thu nhập phải chịu thuế TNCN trong quá trình triển khai đề án.

1. Trường hợp thu nhập được miễn thuế thu nhập cá nhân

Theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế, thu nhập của cá nhân phát sinh từ việc thực hiện các nhiệm vụ khoa học và công nghệ sử dụng ngân sách nhà nước được áp dụng chính sách miễn thuế TNCN nếu đáp ứng các điều kiện sau:

• Nhiệm vụ khoa học và công nghệ phải được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt chính thức bằng quyết định hoặc hợp đồng khoa học công nghệ.
• Nguồn kinh phí chi trả cho cá nhân phải được trích từ nguồn ngân sách nhà nước cấp cho đề tài, đề án theo đúng dự toán và định mức chi tiêu tài chính hiện hành.
• Cá nhân nhận thu nhập phải là người trực tiếp thực hiện các nội dung nghiên cứu, chuyên đề thuộc nhiệm vụ khoa học công nghệ đã được phê duyệt.

2. Trường hợp thu nhập phải chịu thuế thu nhập cá nhân

Đối với các khoản thu nhập phát sinh từ Đề án cấp quốc gia nhưng không thuộc phạm vi nhiệm vụ khoa học và công nghệ được miễn thuế, chính sách thuế TNCN được áp dụng như sau:

• Các khoản tiền công, tiền thù lao, tiền dịch vụ tư vấn, dịch vụ hỗ trợ kỹ thuật, dịch vụ quản lý hoặc các hoạt động phụ trợ khác không mang tính chất nghiên cứu khoa học công nghệ trực tiếp sẽ bị tính vào thu nhập từ tiền lương, tiền công chịu thuế.
• Đơn vị chi trả thu nhập có trách nhiệm khấu trừ thuế TNCN trước khi thanh toán cho cá nhân.
• Đối với cá nhân không ký hợp đồng lao động hoặc ký hợp đồng lao động dưới 03 tháng có tổng mức chi trả thu nhập từ 2.000.000 đồng/lần trở lên, đơn vị chi trả phải thực hiện khấu trừ thuế TNCN theo thuế suất 10% (trừ trường hợp cá nhân đủ điều kiện làm cam kết thu nhập thấp theo quy định).

3. Trách nhiệm của đơn vị quản lý và chi trả kinh phí đề án

Để đảm bảo việc thực thi chính sách thuế đúng quy định pháp luật, Tổng cục Thuế yêu cầu các đơn vị chủ trì, quản lý Đề án cấp quốc gia thực hiện các nghĩa vụ:

• Thực hiện phân loại, bóc tách rõ ràng giữa phần kinh phí chi cho nhiệm vụ khoa học công nghệ được miễn thuế và phần kinh phí chi cho các hoạt động dịch vụ, tiền công chịu thuế khác.
• Thực hiện đầy đủ nghĩa vụ khấu trừ, kê khai, nộp thuế TNCN và quyết toán thuế thay cho các cá nhân phát sinh thu nhập chịu thuế từ nguồn kinh phí của đề án.
• Lưu trữ và xuất trình đầy đủ hồ sơ pháp lý của đề án bao gồm quyết định phê duyệt, hợp đồng thực hiện, dự toán kinh phí được duyệt và các chứng từ chi tiêu thực tế khi cơ quan thuế thực hiện công tác thanh tra, kiểm tra.