Tổng cục Thuế nhận được công văn số 2811/CV-IDI-KTTC ngày 28/11/2011 của Công ty cổ phần đầu tư & phát triển đa quốc gia I.D.I. về xác định thuế GTGT được khấu trừ và công văn số 376/CT-TTr ngày 17/4/2012 Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp báo cáo tình hình thực tế sản xuất kinh doanh và kê khai nộp thuế GTGT của Công ty cổ phần đầu tư và phát triển đa quốc gia I.D.I. và Công ty cổ phần đầu tư Nam Thanh Long. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại điểm 1 mục II phần A Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn về đối tượng không chịu thuế GTGT:

"1. Sản phẩm trồng trọt (bao gồm cả sản phẩm rừng trồng), chăn nuôi thủy sản, hải sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu.

Các sản phẩm mới qua sơ chế thông thường là sản phẩm mới được làm sạch, phơi, sấy khô, bóc vỏ, tách hạt, cắt lát, ướp muối, bảo quản lạnh và các hình thức bảo quản thông thường khác …".

Tại điểm 2.5 mục II phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn mức thuế suất 5% như sau:

"2.5. Sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, hải sản chưa qua chế biến hoặc chỉ qua sơ chế làm sạch, phơi, sấy khô, bóc vỏ, tách hạt, cắt lát, ướp muối, bảo quản lạnh và các hình thức bảo quản thông thường khác ở khâu kinh doanh thương mại.

Sản phẩm trồng trọt chưa qua chế biến hướng dẫn tại điểm này bao gồm cả thóc, gạo, ngô, khoai, sắn, lúa mỳ".

Tại khoản 5a Điều 9 Thông tư số 28/2011/TT-BTC về khai bổ sung hồ sơ khai thuế:

"5. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế

a) Sau khi hết hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót, nhầm lẫn gây ảnh hưởng đến số thuế phải nộp thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế. Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế".

Căn cứ hướng dẫn trên, trường hợp Công ty cổ phần đầu tư Nam Thanh Long (bên bán) lập hóa đơn ghi mức thuế suất thuế GTGT 5% cho hàng hóa thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT nhưng bên bán và bên mua chưa tự điều chỉnh, Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp đã tiến hành thanh tra tại trụ sở bên bán là Công ty cổ phần đầu tư Nam Thanh Long thì Công ty cổ phần đầu tư Nam Thanh Long không được lập hóa đơn điều chỉnh đối với hóa đơn xuất sai quy định. Thuế GTGT đầu vào phục vụ cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT của Công ty cổ phần đầu tư Nam Thanh Long không được khấu trừ.

Công ty cổ phần đầu tư & phát triển đa quốc gia I.D.I. không được khấu trừ đối với số thuế GTGT đầu vào trên hóa đơn mua hàng của Công ty cổ phần đầu tư Nam Thanh Long xuất sai quy định

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp và Công ty cổ phần đầu tư & phát triển đa quốc gia I.D.I. biết và đề nghị Công ty liên hệ với Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp để được hướng dẫn thực hiện theo quy định.