Thực hiện quy định tại Tiết n Khoản 2 Điều 8 Luật thuế GTGT, Khoản 6 Điều 42 Nghị định số 81/2002/NĐ-CP ngày 17/10/2002 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số Điều của Luật khoa học và công nghệ; để khuyến khích dịch vụ khoa học và công nghệ, tại Khoản 2 Tiết n Điều 7 của Nghị định số 158/2003/NĐ-CP ngày 10/12/2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế GTGT và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT quy định: "dịch vụ khoa học và công nghệ trừ các dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng quy định tại Điều 4 của Nghị định này" áp dụng thuế suất thuế GTGT 5%.

Hiện nay, do chưa có văn bản pháp quy nào hướng dẫn cụ thể về các hoạt động liên quan đến sở hữu trí tuệ là dịch vụ khoa học và công nghệ, vì vậy trong quá trình thực hiện Luật thuế GTGT gặp khó khăn trong việc xác định các dịch vụ liên quan đến sở hữu trí tuệ thuộc đối tượng được áp dụng thuế suất thuế GTGT 5%. Nếu áp dụng thuế suất thuế GTGT 5% đối với tất cả các dịch vụ liên quan đến sở hữu trí tuệ sẽ mở rộng đối tượng áp dụng thuế suất 5%, trong đó có cả các dịch vụ hiện nay đang thuộc đối tượng áp dụng thuế suất 10% quy định tại Khoản 3.l, 3.t Điều 8 Luật thuế GTGT như: các dịch vụ như tư vấn xác định giá trị, làm thủ tục xác định quyền sở hữu, xử lý tranh chấp về bản quyền tác giả, tác phẩm, quyền sở hữu công nghiệp thuộc nhóm dịch vụ tư vấn pháp luật, tư vấn tài chính, tư vấn khác.

Kiến nghị về việc áp dụng thuế suất 5% đối với các hoạt động liên quan đến sở hữu trí tuệ, chuyển giao công nghệ, trước đây Bộ Khoa học và Công nghệ đã có ý kiến tham gia vào dự thảo Nghị định quy định chi tiết thi hành Luật thuế GTGT và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT. Bộ Tài chính đã có giải trình với Chính phủ tại Bảng tổng hợp ý kiến các Bộ, ngành kèm theo Tờ trình số 93 TTr/BTC ngày 30/9/2003 (trình kèm theo).

Hiện nay, ngoài kiến nghị của Liên hiệp các hội khoa học và kỹ thuật Việt Nam, Bộ Tài chính cũng nhận được kiến nghị của Trung tâm năng suất Việt Nam về việc áp dụng thuế suất 5% đối với hoạt động xây dựng hệ thống chất lượng theo tiêu chuẩn ISO.

Để thực hiện quy định của Luật thuế GTGT, Luật Khoa học và công nghệ, khuyến khích các dịch vụ khoa học và công nghệ, trong đó có dịch vụ liên quan đến sở hữu trí tuệ, tránh cơ chế xin cho, Bộ Tài chính đề nghị Bộ Khoa học và công nghệ có văn bản hướng dẫn cụ thể các dịch vụ liên quan đến dịch vụ về khoa học và công nghệ. Căn cứ vào văn bản hướng dẫn của Bộ Khoa học và công nghệ, Bộ Tài chính sẽ hướng dẫn áp dụng thuế suất 5% đối với dịch vụ khoa học và công nghệ nêu trên.

Bộ Tài chính xin báo cáo Uỷ ban kinh tế và ngân sách của Quốc hội, Uỷ ban Khoa học công nghệ và môi trường, Ban Dân nguyện của Quốc hội.