Ngày 05 tháng 07 năm 2023, Tổng cục Thuế đã ban hành Công văn số 2767/TCT-KK hướng dẫn về việc hoàn trả tiền thuế giá trị gia tăng (GTGT) nộp thừa đối với hàng hóa nhập khẩu. Văn bản này tập trung giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện hoàn thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu, đồng thời thống nhất quy trình phối hợp giữa cơ quan Thuế và cơ quan Hải quan nhằm đảm bảo quyền lợi hợp pháp của người nộp thuế và ngăn chặn thất thu ngân sách nhà nước.

Phạm vi và đối tượng áp dụng của văn bản

Công văn này áp dụng đối với các Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, các cơ quan hải quan các cấp, cùng toàn thể các tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp có hoạt động nhập khẩu hàng hóa phát sinh số tiền thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu và đang thực hiện thủ tục hoàn trả hoặc bù trừ nghĩa vụ thuế.

Thẩm quyền giải quyết hoàn trả thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp thừa

• Cơ quan Hải quan là đơn vị có thẩm quyền tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ và ra quyết định hoàn trả hoặc thực hiện bù trừ số tiền thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu cho người nộp thuế theo đúng quy định của pháp luật về hải quan và quản lý thuế.
• Trường hợp người nộp thuế nộp thừa tiền thuế GTGT tại khâu nhập khẩu do các nguyên nhân như khai sai, nhầm lẫn, thay đổi mã số thuế, thuế suất hoặc trị giá tính thuế, cơ quan Hải quan sẽ thực hiện hoàn trả trực tiếp hoặc bù trừ vào số thuế phải nộp của kỳ tiếp theo tại khâu nhập khẩu.

Nguyên tắc xử lý đối với số thuế GTGT đã kê khai, khấu trừ tại cơ quan Thuế

• Để đảm bảo nguyên tắc không hoàn thuế trùng lặp (người nộp thuế vừa được khấu trừ thuế đầu vào tại cơ quan Thuế, vừa được hoàn trả tiền thuế nộp thừa tại cơ quan Hải quan), người nộp thuế có nghĩa vụ phải thực hiện điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã kê khai, khấu trừ tương ứng với số thuế GTGT nộp thừa được cơ quan Hải quan hoàn trả.
• Người nộp thuế phải tự kê khai điều chỉnh, bổ sung hồ sơ khai thuế GTGT gửi đến cơ quan Thuế quản lý trực tiếp ngay sau khi nhận được quyết định hoàn trả hoặc văn bản xác nhận số tiền thuế nộp thừa từ cơ quan Hải quan.
• Trường hợp người nộp thuế đã thực hiện hoàn thuế GTGT theo phương thức hoàn thuế xuất khẩu hoặc dự án đầu tư tại cơ quan Thuế, cơ quan Thuế sẽ tiến hành thu hồi số tiền thuế đã hoàn tương ứng với số thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu được cơ quan Hải quan hoàn trả.

Cơ chế phối hợp giữa cơ quan Thuế và cơ quan Hải quan

• Cơ quan Thuế và cơ quan Hải quan có trách nhiệm chủ động trao đổi, đối chiếu thông tin dữ liệu về tình hình kê khai, khấu trừ, hoàn thuế của người nộp thuế nhằm đảm bảo tính chính xác, kịp thời và ngăn chặn các hành vi trục lợi tiền thuế từ ngân sách nhà nước.
• Khi cơ quan Hải quan tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT nộp thừa, nếu phát hiện người nộp thuế đã kê khai khấu trừ tại cơ quan Thuế, cơ quan Hải quan sẽ yêu cầu người nộp thuế thực hiện điều chỉnh giảm số thuế đã khấu trừ trước khi ban hành quyết định hoàn trả.
• Cơ quan Thuế có trách nhiệm thanh tra, kiểm tra việc kê khai điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào của doanh nghiệp sau khi nhận được thông tin chuyển giao từ cơ quan Hải quan về các trường hợp đã được hoàn trả tiền thuế GTGT nộp thừa khâu nhập khẩu.

Hiệu lực thi hành và hướng dẫn tổ chức thực hiện

Công văn 2767/TCT-KK có hiệu lực thi hành kể từ ngày ban hành. Các Cục Thuế địa phương có trách nhiệm phổ biến, hướng dẫn người nộp thuế trên địa bàn quản lý thực hiện nghiêm túc các nội dung hướng dẫn tại công văn này, đảm bảo việc kê khai, điều chỉnh và hoàn thuế được thực hiện đúng quy định pháp luật, tránh gây phiền hà cho doanh nghiệp đồng thời bảo vệ nguồn thu ngân sách.