Căn cứ Thông tư 122/2000/TT-BTC ngày 29 tháng 12 năm 2000 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 79/2000/NĐ-CP ngày 29/12/2000 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế Giá trị gia tăng (GTGT). Để thực hiện thống nhất trong toàn ngành về việc hoàn thuế Giá trị gia tăng đối với các trường hợp hàng hoá nhập khẩu. Tổng cục hướng dẫn các đơn vị như sau:

1. Đối với loại hình nhập nguyên vật liệu để sản xuất - xuất khẩu, tạm nhập - tái xuất... thuế GTGT đối tượng nộp thuế đã nộp vào tài khoản "thuế tạm thu" của Hải quan tại Kho bạc. Hải quan nơi đăng ký tờ khai hàng nhập khẩu của loại hình trên thống kê chi tiết toàn bộ số tiền thuế GTGT tại tài khoản "thuế tạm thu" theo từng tờ khai và chuyển nộp hết vào Ngân sách Nhà nước mà không trực tiếp hoàn trả. Khi thanh khoản "thuế tạm thu"cơ quan Hải quan hướng dẫn đối tượng nộp thuế mang biên lai thu thuế GTGT sang cơ quan thuế địa phương để hoàn.

2. Đối với loại hình nhập khẩu để kinh doanh, thuế GTGT đối tượng nộp thuế phải nộp vào Ngân sách nhà nước (theo thông báo thuế) nhưng sau đó được điều chỉnh giảm theo chế độ thì xử lý như sau:

- Trường hợp thuế GTGT đã nộp vào Ngân sách Nhà nước theo thông báo thuế thì cơ quan Hải quan không ra quyết định điều chỉnh giảm thuế GTGT mà chỉ xác nhận số thuế GTGT được điều chỉnh giảm khi có đề nghị của đối tượng nộp thuế, để làm cơ sở cho cơ quan Thuế địa phương hoàn trả.

Trường hợp thuế GTGT trong thời gian ân hạn (theo thông báo thuế) chưa phải nộp vào Ngân sách Nhà nước thì cơ quan Hải quan ra quyết định điều chỉnh giảm thuế GTGT và hạch toán kế toán bình thường.

Tổng cục thông báo để các đơn vị biết và thực hiện.