b) Có chứng từ thanh toán qua ngân sách đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT" và tại Điểm 4.2 Công văn số 10220/BTC-TCT ngày 20/07/2009 của Bộ Tài chính về điều kiện chứng từ thanh toán qua ngân hàng để khấu trừ, hoàn thuế GTGT quy định: "4.2 Trường hợp thanh toán trong nội bộ doanh nghiệp có đơn vị hạch toán phụ thuộc có phát sinh hóa đơn GTGT nhưng không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì quan hệ thanh toán tiền hàng mang tính chất thanh toán nội bộ giữa công ty và chi nhánh hoặc giữa công ty trong tập đoàn vẫn đủ điều kiện được khấu trừ thuế GTGT."

Theo trình bày của Chi nhánh Công ty cổ phần Đầu tư và phát triển Cát Trắng tại Nha Trang thì Chi nhánh được thành lập năm 2004 là đơn vị trực thuộc Công ty cổ phần đầu tư và phát triển Cát Trắng tại TP Hồ Chí Minh (Công ty).

Chi nhánh thành lập hoạt động theo ủy quyền của Công ty để thực hiện dự án đầu tư Khu du dịch sinh thái Sài Gòn Dốc Lết tại Khánh Hòa, dự án khởi công tháng 9/2004, đi vào hoạt động từ cuối năm 2006. Chi nhánh đăng ký hình thức hạch toán độc lập, Chi nhánh không có vốn. Toàn bộ vốn đầu tư dự án đều do Công ty cấp. Trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản của dự án, các chi phí phát sinh lấy hóa đơn mang tên Chi nhánh, đồng thời có một số tài sản Công ty trực tiếp ký hợp đồng và mua từ thành phố Hồ Chí Minh để trang bị trực tiếp cho dự án và cho văn phòng Chi nhánh, lấy hóa đơn mang tên Công ty.

Tháng 12/2009, Công ty xuất hóa đơn GTGT cho tài sản Công ty đã đầu tư và đưa vào Chi nhánh sử dụng là các công cụ, dụng cụ - (cụ thể gồm 10 số Hóa đơn GTGT từ số 135251 đến số 135260 ngày 31/12/2009). Công ty đã kê khai, nộp thuế GTGT theo quy định tại điểm 2.18.b2, mục IV, Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC nêu trên tại Cục thuế thành phố Hồ Chí Minh. Các hóa đơn này, Công ty xuất cho Chi nhánh để điều chuyển tài sản không mang tính chất mua bán, do đó Chi nhánh Công ty cổ phần đầu tư và phát triển Cát Trắng tại Nha Trang không phải thanh toán cho Công ty. Đề nghị Cục thuế tỉnh Khánh Hòa kiểm tra nội dung Chi nhánh nêu, căn cứ vào quy định và tình hình thực tế xem xét chấp thuận cho Chi nhánh Công ty cổ phần đầu tư và phát triển Cát Trắng tại Nha Trang được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với các hóa đơn nêu trên nếu đáp ứng điều kiện theo quy định tại điểm 1.3 mục III Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính, trừ điều kiện về chứng từ thanh toán qua ngân hàng.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục thuế tỉnh Khánh Hòa, Cục thuế thành phố Hồ Chí Minh và Chi nhánh Công ty cổ phần đầu tư và phát triển Cát Trắng tại Nha Trang được biết. Trong quá trình thực hiện nếu có vướng mắc, đề nghị các Cục thuế và Chi nhánh Công ty phản ánh về Tổng cục Thuế để xem xét, giải quyết./.