Công văn 2958/TCHQ-GSQL được Tổng cục Hải quan ban hành nhằm hướng dẫn các Cục Hải quan tỉnh, thành phố giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện thủ tục thanh khoản tờ khai hải quan nhập khẩu. Văn bản này tập trung tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp trong giai đoạn chuyển đổi và kết hợp giữa phương thức hải quan truyền thống (tờ khai giấy) và hải quan điện tử, đặc biệt đối với loại hình nhập khẩu nguyên liệu để sản xuất hàng xuất khẩu (SXXK) và gia công.

Hướng dẫn thanh khoản đối với tờ khai kết hợp giữa thủ công và điện tử

• Trường hợp tờ khai chéo phương thức: Đối với các trường hợp doanh nghiệp đăng ký tờ khai nhập khẩu bằng giấy nhưng tờ khai xuất khẩu lại thực hiện bằng phương thức điện tử (hoặc ngược lại), cơ quan hải quan hướng dẫn thực hiện thanh khoản bằng cách đối chiếu dữ liệu trên hệ thống điện tử với chứng từ giấy thực tế.
• Trách nhiệm của cơ quan hải quan: Chi cục Hải quan nơi quản lý hồ sơ thanh khoản có trách nhiệm chủ động tra cứu, đối chiếu thông tin tờ khai trên hệ thống thông tin hải quan. Không được yêu cầu doanh nghiệp phải nộp lại các chứng từ giấy đối với những thông tin, dữ liệu đã được xác thực và lưu trữ trên hệ thống điện tử.
• Tạo điều kiện cho doanh nghiệp: Đảm bảo quá trình thông quan và thanh khoản diễn ra liên tục, tránh gây ách tắc hàng hóa và ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất, xuất khẩu của doanh nghiệp do sự khác biệt giữa hai hệ thống quản lý.

Quy định về hồ sơ, thủ tục kiểm tra và đối chiếu thanh khoản

• Nghĩa vụ của doanh nghiệp: Doanh nghiệp có trách nhiệm lập và nộp hồ sơ thanh khoản đầy đủ, đúng thời hạn quy định. Hồ sơ phải thể hiện rõ ràng, chính xác định mức sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu và bảng báo cáo nhập - xuất - tồn kho nguyên liệu.
• Quy trình kiểm tra của hải quan: Công chức hải quan thực hiện kiểm tra tính hợp lệ, hợp pháp của hồ sơ thanh khoản. Tập trung đối chiếu lượng nguyên vật liệu nhập khẩu thực tế đã đưa vào sản xuất ra sản phẩm xuất khẩu dựa trên định mức kỹ thuật đã đăng ký và lượng sản phẩm thực tế đã xuất khẩu.
• Xử lý nghi vấn chênh lệch: Trong trường hợp phát hiện có sự chênh lệch số liệu hoặc có dấu hiệu nghi vấn về tính trung thực của hồ sơ, cơ quan hải quan sẽ tiến hành kiểm tra, xác minh làm rõ hoặc chuyển hồ sơ sang bộ phận kiểm tra sau thông quan để xử lý theo quy định.

Xử lý thuế và giải quyết các vướng mắc phát sinh

• Điều kiện hoàn thuế, không thu thuế: Việc xem xét hoàn thuế hoặc không thu thuế đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu chỉ được thực hiện sau khi hồ sơ thanh khoản đã được cơ quan hải quan kiểm tra, chấp nhận và xác định chính xác số lượng hàng hóa thực tế đã xuất khẩu ra nước ngoài.
• Hỗ trợ lỗi hệ thống: Đối với các vướng mắc kỹ thuật phát sinh từ hệ thống khai báo hải quan điện tử dẫn đến việc chậm trễ thanh khoản, Tổng cục Hải quan yêu cầu các đơn vị địa phương phối hợp chặt chẽ với doanh nghiệp để khắc phục, không áp dụng các biện pháp phạt chậm nộp hoặc cưỡng chế thuế khi nguyên nhân khách quan thuộc về lỗi hệ thống.