Công văn 3259/TCT-CS được Tổng cục Thuế ban hành năm 2013 nhằm hướng dẫn giải quyết các khiếu nại liên quan đến quyết định hành chính trong lĩnh vực quản lý thuế. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng giúp các cơ quan thuế địa phương thống nhất quy trình, thẩm quyền và thủ tục giải quyết khiếu nại của người nộp thuế, đảm bảo quyền lợi hợp pháp của các bên liên quan.

1. Đối tượng và phạm vi áp dụng khiếu nại quyết định hành chính thuế

• Người nộp thuế có quyền khiếu nại các quyết định hành chính của cơ quan thuế hoặc hành vi hành chính của công chức thuế khi có căn cứ cho rằng quyết định hoặc hành vi đó là trái pháp luật, xâm phạm trực tiếp đến quyền và lợi ích hợp pháp của mình.
• Các quyết định hành chính thuế thường bị khiếu nại bao gồm: Quyết định truy thu thuế, quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, quyết định áp dụng các biện pháp cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế, hoặc quyết định ấn định thuế.

2. Thẩm quyền và thủ tục giải quyết khiếu nại

• Thủ trưởng cơ quan thuế các cấp (bao gồm Chi cục trưởng Chi cục Thuế, Cục trưởng Cục Thuế và Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế) có thẩm quyền giải quyết khiếu nại lần đầu đối với các quyết định hành chính do mình hoặc do công chức thuộc quyền quản lý trực tiếp ban hành.
• Thời hạn giải quyết khiếu nại phải tuân thủ nghiêm ngặt theo quy định của Luật Khiếu nại hiện hành, đảm bảo tính kịp thời, khách quan, công khai và dân chủ.
• Quy trình thụ lý hồ sơ khiếu nại phải được thực hiện chặt chẽ từ khâu tiếp nhận đơn, thụ lý, tiến hành xác minh nội dung khiếu nại, đối thoại trực tiếp (nếu cần thiết) cho đến khi ban hành quyết định giải quyết khiếu nại chính thức.

3. Nghĩa vụ thi hành quyết định hành chính trong thời gian giải quyết khiếu nại

• Trong thời gian cơ quan thuế thụ lý và giải quyết khiếu nại, người nộp thuế vẫn có nghĩa vụ chấp hành quyết định hành chính thuế đã ban hành trước đó, trừ trường hợp quyết định đó bị tạm đình chỉ thi hành bởi cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
• Việc nộp các khoản thuế truy thu, tiền phạt vi phạm hành chính hoặc tiền chậm nộp vẫn phải được thực hiện theo đúng thời hạn ghi trên quyết định để tránh phát sinh thêm các biện pháp cưỡng chế hành chính không đáng có.

4. Xử lý kết quả giải quyết khiếu nại

• Trường hợp khiếu nại được xác định là đúng hoặc đúng một phần: Cơ quan thuế có thẩm quyền phải ban hành quyết định giải quyết khiếu nại, trong đó nêu rõ việc sửa đổi, bổ sung hoặc hủy bỏ một phần hoặc toàn bộ quyết định hành chính bị khiếu nại. Đồng thời, cơ quan thuế phải thực hiện hoàn trả số tiền thuế, tiền phạt đã thu oan, sai cho người nộp thuế theo đúng quy định của pháp luật về quản lý thuế.
• Trường hợp khiếu nại được xác định là sai toàn bộ: Cơ quan thuế ban hành quyết định giải quyết khiếu nại giữ nguyên quyết định hành chính bị khiếu nại, đồng thời yêu cầu người nộp thuế tiếp tục thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ tài chính còn thiếu.