Công văn 3348/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành năm 2023 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng, giải đáp các vướng mắc liên quan đến chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT), đặc biệt là quy định về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư và các điều kiện khấu trừ thuế liên quan. Văn bản này giúp các doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương thống nhất phương án thực hiện, đảm bảo tuân thủ đúng quy định của pháp luật hiện hành.

Công văn tập trung làm rõ các nguyên tắc, điều kiện và thủ tục áp dụng chính sách thuế GTGT đối với các trường hợp cụ thể của người nộp thuế. Các nội dung cốt lõi bao gồm:

• Điều kiện hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư: Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, hoặc cơ sở kinh doanh đang hoạt động có dự án đầu tư mới tại tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì được hoàn thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư nếu có số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên.
• Các trường hợp không được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư: Công văn lưu ý các trường hợp không được hoàn thuế GTGT mà phải chuyển sang kỳ sau bao gồm: Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ vốn điều lệ như đã đăng ký; Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư; Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên.
• Nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào: Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hóa dịch vụ chịu thuế GTGT bị tổn thất. Số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ, cơ sở kinh doanh được hạch toán vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc tính vào nguyên giá của tài sản cố định theo quy định.
• Yêu cầu về chứng từ, hóa đơn khi thực hiện khấu trừ, hoàn thuế: Để được khấu trừ và hoàn thuế GTGT, doanh nghiệp phải có hóa đơn GTGT hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu; có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 20 triệu đồng trở lên theo quy định của pháp luật.

Để đảm bảo việc áp dụng chính sách thuế GTGT được đồng bộ và hạn chế rủi ro pháp lý, Tổng cục Thuế đưa ra các chỉ đạo cụ thể:

• Đối với người nộp thuế (Doanh nghiệp): Cần chủ động rà soát tiến độ góp vốn điều lệ, các giấy phép con đối với ngành nghề kinh doanh có điều kiện để đảm bảo hồ sơ hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư được hợp lệ. Đồng thời, thực hiện lưu trữ đầy đủ chứng từ thanh toán qua ngân hàng và hóa đơn GTGT đúng quy chuẩn.
• Đối với Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương: Tăng cường công tác tuyên truyền, hướng dẫn người nộp thuế trên địa bàn thực hiện đúng quy định. Tiến hành thanh tra, kiểm tra hồ sơ hoàn thuế GTGT theo đúng quy trình, đảm bảo việc hoàn thuế đúng đối tượng, kịp thời, ngăn chặn các hành vi gian lận, trục lợi tiền thuế của Nhà nước.

Công văn 3348/TCT-CS năm 2023 đóng vai trò là cơ sở pháp lý quan trọng giúp tháo gỡ các nút thắt trong quá trình thụ lý hồ sơ hoàn thuế GTGT, tạo điều kiện khơi thông nguồn vốn cho doanh nghiệp tái đầu tư sản xuất kinh doanh, đồng thời tăng cường tính minh bạch và hiệu quả trong công tác quản lý thuế.