Công văn 3372/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành năm 2017 là văn bản hướng dẫn quan trọng về việc xác định và áp dụng phương pháp tính thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các doanh nghiệp, tổ chức kinh tế. Văn bản này giải quyết các vướng mắc thực tế của người nộp thuế trong việc lựa chọn, chuyển đổi giữa phương pháp khấu trừ và phương pháp trực tiếp, đặc biệt là đối với các cơ sở kinh doanh mới thành lập hoặc có sự thay đổi về quy mô doanh thu.

Nguyên tắc xác định phương pháp tính thuế GTGT

Công văn làm rõ các tiêu chí và điều kiện để doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ hoặc phương pháp trực tiếp trên giá trị gia tăng:

• Phương pháp khấu trừ thuế: Áp dụng đối với cơ sở kinh doanh có doanh thu hàng năm từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ từ 1 tỷ đồng trở lên (trừ hộ, cá nhân kinh doanh); và các cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
• Phương pháp trực tiếp: Áp dụng đối với doanh nghiệp, hợp tác xã có doanh thu hàng năm dưới 1 tỷ đồng (trừ trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ); hộ, cá nhân kinh doanh; tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh không có cơ sở thường trú tại Việt Nam nhưng có doanh thu phát sinh tại Việt Nam.

Phương pháp tính thuế đối với cơ sở kinh doanh mới thành lập

Tổng cục Thuế hướng dẫn cụ thể về việc lựa chọn phương pháp tính thuế cho các đối tượng mới gia nhập thị trường:

• Doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đang hoạt động nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thì được đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
• Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có thực hiện đầu tư, mua sắm, nhận góp vốn bằng tài sản cố định, máy móc, thiết bị, công cụ, dụng cụ hoặc có hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh được quyền đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ.

Thủ tục chuyển đổi phương pháp tính thuế và lưu ý về Mẫu 06/GTGT

Tại thời điểm ban hành Công văn 3372/TCT-CS, việc chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT được thực hiện theo các quy định hiện hành của Luật Thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn thi hành:

• Doanh nghiệp phải xác định doanh thu của năm trước liền kề để làm cơ sở xác định phương pháp tính thuế cho chu kỳ ổn định tiếp theo.
• Đối với các trường hợp tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ, doanh nghiệp phải gửi thông báo áp dụng phương pháp tính thuế GTGT (Mẫu số 06/GTGT) đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Lưu ý: Quy định về việc nộp Mẫu 06/GTGT sau đó đã được đơn giản hóa bằng việc bãi bỏ theo Thông tư số 93/2017/TT-BTC của Bộ Tài chính nhằm giảm bớt thủ tục hành chính cho người nộp thuế.

Áp dụng phương pháp tính thuế đối với chi nhánh và đơn vị phụ thuộc

Văn bản cũng đưa ra hướng dẫn xử lý đối với các đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp:

• Trường hợp doanh nghiệp đang áp dụng phương pháp khấu trừ thuế có thành lập chi nhánh, văn phòng đại diện trực thuộc, nếu chi nhánh đó thực hiện khai thuế GTGT riêng thì phương pháp tính thuế của chi nhánh được xác định theo phương pháp tính thuế của doanh nghiệp đang hoạt động.
• Việc đồng bộ phương pháp tính thuế giữa trụ sở chính và các đơn vị phụ thuộc giúp đảm bảo tính thống nhất trong công tác quản lý thuế và kê khai hóa đơn, chứng từ của toàn hệ thống doanh nghiệp.