Công văn 3629/TCHQ-KTSTQ năm 2014 do Tổng cục Hải quan ban hành là một văn bản hướng dẫn quan trọng nhằm thúc đẩy việc áp dụng chế độ doanh nghiệp ưu tiên trong lĩnh vực hải quan. Đây là chính sách mang tính đột phá nhằm tạo thuận lợi tối đa cho các doanh nghiệp có quá trình chấp hành tốt pháp luật, đồng thời nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước về hải quan theo xu hướng hội nhập quốc tế.

- Mục tiêu và phạm vi áp dụng của chế độ doanh nghiệp ưu tiên

• Tạo hành lang pháp lý thông thoáng, giảm thiểu thời gian và chi phí thông quan hàng hóa cho các doanh nghiệp xuất nhập khẩu uy tín.
• Khuyến khích các doanh nghiệp tự nguyện tuân thủ pháp luật hải quan và pháp luật thuế.
• Áp dụng thống nhất trên phạm vi cả nước đối với các doanh nghiệp đáp ứng đầy đủ các tiêu chuẩn khắt khe theo quy định của Bộ Tài chính và Tổng cục Hải quan.

- Các điều kiện cốt lõi để được công nhận doanh nghiệp ưu tiên

• Điều kiện về tuân thủ pháp luật: Trong thời hạn quy định, doanh nghiệp không vi phạm các quy định của pháp luật về thuế, hải quan đến mức bị xử lý hình sự hoặc xử phạt vi phạm hành chính vượt quá thẩm quyền của Chi cục trưởng Chi cục Hải quan.
• Điều kiện về kim ngạch xuất nhập khẩu: Doanh nghiệp phải đạt mức kim ngạch xuất nhập khẩu tối thiểu theo quy định đối với từng loại hình doanh nghiệp (trừ các trường hợp đặc biệt được ưu tiên theo chủ trương của Chính phủ).
• Điều kiện về thủ tục hải quan điện tử và thủ tục thuế điện tử: Doanh nghiệp phải thực hiện thủ tục hải quan điện tử, thủ tục thuế điện tử và có chương trình ứng dụng công nghệ thông tin quản lý hoạt động xuất nhập khẩu kết nối với cơ quan hải quan.
• Điều kiện về thanh toán: Thực hiện thanh toán các lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu qua ngân hàng theo quy định của pháp luật.
• Điều kiện về hệ thống kiểm soát nội bộ: Doanh nghiệp phải có hệ thống kiểm soát nội bộ nghiêm ngặt, quản lý chặt chẽ quy trình sản xuất, chuỗi cung ứng và an ninh an toàn hàng hóa.

- Các chế độ ưu đãi đặc biệt dành cho doanh nghiệp ưu tiên

• Miễn kiểm tra hồ sơ và kiểm tra thực tế hàng hóa: Doanh nghiệp được miễn kiểm tra chi tiết hồ sơ hải quan và miễn kiểm tra thực tế hàng hóa trong quá trình làm thủ tục thông quan, trừ trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật rõ ràng.
• Thông quan bằng tờ khai chưa hoàn chỉnh: Cho phép doanh nghiệp thực hiện thông quan hàng hóa trên cơ sở tờ khai hải quan chưa hoàn chỉnh hoặc chứng từ thay thế tờ khai, sau đó hoàn thiện thủ tục trong thời hạn quy định.
• Ưu tiên thứ tự làm thủ tục: Được cơ quan hải quan ưu tiên tiếp nhận, đăng ký và xử lý hồ sơ hải quan trước các doanh nghiệp thông thường khác.
• Ưu đãi về kiểm tra sau thông quan: Doanh nghiệp ưu tiên được miễn kiểm tra sau thông quan tại trụ sở cơ quan hải quan, trừ trường hợp kiểm tra theo chuyên đề hoặc có dấu hiệu vi phạm pháp luật cụ thể.
• Thuận lợi về thủ tục thuế: Được áp dụng các chế độ ưu đãi về hoàn thuế, không thu thuế và nộp thuế theo tháng đối với các lô hàng đã thông quan.

- Quy trình thẩm định, công nhận và quản lý doanh nghiệp ưu tiên

• Nộp hồ sơ đề nghị: Doanh nghiệp chuẩn bị và nộp hồ sơ chứng minh đáp ứng đủ các điều kiện theo quy định gửi về Tổng cục Hải quan (Cục Kiểm tra sau thông quan).
• Thẩm định thực tế: Cơ quan hải quan tiến hành thẩm định hồ sơ và thực hiện kiểm tra thực tế tại trụ sở doanh nghiệp để đánh giá hệ thống kiểm soát nội bộ và tính tuân thủ pháp luật.
• Ra quyết định công nhận: Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ban hành quyết định công nhận doanh nghiệp ưu tiên nếu doanh nghiệp đạt đầy đủ các tiêu chí. Quyết định này có thời hạn hiệu lực cụ thể và được gia hạn nếu doanh nghiệp tiếp tục duy trì điều kiện.
• Đình chỉ hoặc thu hồi danh hiệu: Trong quá trình áp dụng, nếu doanh nghiệp không còn đáp ứng đủ điều kiện hoặc phát sinh vi phạm nghiêm trọng, cơ quan hải quan có quyền đình chỉ tạm thời hoặc thu hồi quyết định công nhận doanh nghiệp ưu tiên.

- Trách nhiệm của doanh nghiệp khi được áp dụng chế độ ưu tiên

• Duy trì liên tục và nghiêm túc các điều kiện đã được thẩm định và công nhận.
• Thực hiện chế độ báo cáo định kỳ về tình hình hoạt động xuất nhập khẩu và tài chính cho cơ quan hải quan.
• Chủ động thông báo cho cơ quan hải quan khi có những thay đổi lớn về cơ cấu tổ chức, quy trình sản xuất hoặc chuỗi cung ứng ảnh hưởng đến điều kiện ưu tiên.
• Hợp tác chặt chẽ với cơ quan hải quan trong việc giám sát, đánh giá định kỳ và kiểm tra đột xuất khi có yêu cầu.