Công văn 3686/TCT-KK được Tổng cục Thuế ban hành ngày 26 tháng 8 năm 2016 hướng dẫn về việc khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào đối với hóa đơn ghi sai thuế suất của bên mua hàng. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm tháo gỡ các vướng mắc thực tế cho doanh nghiệp trong quá trình kê khai, khấu trừ thuế khi xảy ra sai sót về thuế suất trên hóa đơn thương mại.

Phạm vi áp dụng của văn bản bao gồm các tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp có hoạt động mua bán hàng hóa, dịch vụ phát sinh hóa đơn GTGT ghi sai thuế suất và các cơ quan thuế các cấp có thẩm quyền quản lý, thanh tra, kiểm tra thuế.

Nguyên tắc chung về khấu trừ thuế GTGT đối với hóa đơn sai thuế suất

• Việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với các hóa đơn lập sai thuế suất phải tuân thủ nghiêm ngặt các quy định tại Thông tư số 219/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính.
• Cơ quan thuế thực hiện phân loại xử lý dựa trên việc mức thuế suất ghi trên hóa đơn là cao hơn hay thấp hơn so với mức thuế suất thực tế được pháp luật quy định cho loại hàng hóa, dịch vụ đó.

Xử lý trường hợp thuế suất ghi trên hóa đơn cao hơn thuế suất quy định

• Đối với bên mua: Chỉ được khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo đúng mức thuế suất quy định của pháp luật về thuế GTGT. Phần thuế chênh lệch vượt quá do ghi sai sẽ không được chấp nhận khấu trừ.
• Trường hợp bên bán và bên mua đã phát hiện ra sai sót, tự nguyện lập biên bản điều chỉnh và xuất hóa đơn điều chỉnh theo đúng quy định thì bên mua được căn cứ vào hóa đơn điều chỉnh để khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
• Đối với bên bán: Phải thực hiện kê khai và nộp thuế GTGT đầu ra theo đúng mức thuế suất ghi trên hóa đơn đã lập (mức thuế suất cao hơn), trừ khi đã thực hiện thủ tục điều chỉnh hóa đơn hợp lệ với bên mua.

Xử lý trường hợp thuế suất ghi trên hóa đơn thấp hơn thuế suất quy định

• Đối với bên mua: Chỉ được thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo đúng mức thuế suất và số thuế GTGT ghi thực tế trên hóa đơn đã lập.
• Đối với bên bán: Phải thực hiện kê khai, nộp thuế GTGT đầu ra theo đúng mức thuế suất quy định của pháp luật (mức thuế suất đúng, cao hơn mức ghi trên hóa đơn).
• Để đảm bảo quyền lợi tối đa cho bên mua, hai bên cần chủ động liên hệ, lập biên bản thỏa thuận và xuất hóa đơn điều chỉnh tăng thuế suất lên đúng mức quy định, làm cơ sở cho bên mua kê khai bổ sung phần thuế đầu vào được khấu trừ thiếu.

Quy trình lập hóa đơn điều chỉnh khi phát hiện sai sót

• Khi phát hiện hóa đơn ghi sai thuế suất, người bán và người mua phải lập biên bản hoặc có thỏa thuận bằng văn bản ghi rõ sai sót về thuế suất và tiền thuế.
• Người bán lập hóa đơn điều chỉnh sai sót. Hóa đơn điều chỉnh phải ghi rõ nội dung điều chỉnh tăng hoặc giảm thuế suất, tiền thuế GTGT cho hóa đơn số, ký hiệu, ngày tháng năm cụ thể.
• Căn cứ vào hóa đơn điều chỉnh, người bán và người mua thực hiện kê khai điều chỉnh doanh số mua, bán, thuế đầu ra, đầu vào vào kỳ tính thuế phát sinh hóa đơn điều chỉnh.

Công văn 3686/TCT-KK có hiệu lực hướng dẫn áp dụng ngay từ ngày ban hành, giúp thống nhất phương án xử lý cho các cơ quan thuế địa phương và tạo hành lang pháp lý rõ ràng cho người nộp thuế khi xử lý các sai sót hóa đơn thường gặp.