Ngày 23 tháng 8 năm 2023, Tổng cục Thuế đã ban hành Công văn số 3750/TCT-CS hướng dẫn về chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT), tập trung làm rõ các quy định pháp lý liên quan đến việc hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư của doanh nghiệp.

Văn bản này hướng tới đối tượng áp dụng là các Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, các chi cục thuế và các doanh nghiệp, tổ chức kinh tế đang thực hiện các dự án đầu tư trên phạm vi cả nước, nhằm thống nhất cách hiểu và áp dụng quy định pháp luật về thuế.

Điều kiện hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư

• Cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư) theo quy định của Luật Đầu tư tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính (trừ một số trường hợp đặc thù theo quy định) đang trong giai đoạn đầu tư.
• Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.
• Doanh nghiệp phải thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán và hóa đơn, chứng từ.

Các trường hợp không được hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư

• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật. Các hồ sơ đề nghị hoàn thuế mà cơ quan thuế phát hiện chưa góp đủ vốn điều lệ sẽ bị từ chối hoàn thuế theo đúng quy định.
• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa đáp ứng đủ điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư và các văn bản hướng dẫn thi hành.
• Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.

Nguyên tắc kê khai, bù trừ và quyết toán thuế giá trị gia tăng

• Cơ sở kinh doanh phải kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư trên tờ khai thuế GTGT dành riêng cho dự án đầu tư (Mẫu số 02/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC).
• Doanh nghiệp phải thực hiện bù trừ số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ, nếu số thuế GTGT lũy kế của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì mới thuộc diện được xem xét hoàn thuế.
• Trường hợp chi nhánh, đơn vị phụ thuộc trực tiếp thực hiện dự án đầu tư thì việc kê khai, bù trừ và hoàn thuế phải tuân thủ nghiêm ngặt theo phân cấp quản lý thuế và quy định tại Thông tư số 80/2021/TT-BTC.

Trách nhiệm của cơ quan thuế địa phương

• Cục Thuế các tỉnh, thành phố có trách nhiệm phổ biến, hướng dẫn người nộp thuế trên địa bàn thực hiện đúng quy định về hồ sơ, thủ tục hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư.
• Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra trước và sau hoàn thuế nhằm phát hiện, ngăn chặn và xử lý kịp thời các hành vi gian lận, trục lợi tiền hoàn thuế từ ngân sách nhà nước.
• Giải quyết hồ sơ hoàn thuế của doanh nghiệp đúng thời hạn quy định, tránh gây phiền hà, ách tắc dòng vốn của doanh nghiệp nhưng phải đảm bảo tính pháp lý chặt chẽ.

Công văn 3750/TCT-CS có hiệu lực hướng dẫn thực hiện ngay từ ngày ban hành, đóng vai trò là cơ sở pháp lý quan trọng để giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình hoàn thuế GTGT cho các dự án đầu tư của doanh nghiệp trên toàn quốc.