Công văn 3851/TCHQ-TXNK được Tổng cục Hải quan ban hành nhằm hướng dẫn xử lý tiền thuế giá trị gia tăng (GTGT) nộp thừa tại khâu nhập khẩu. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng giúp tháo gỡ các vướng mắc phát sinh cho doanh nghiệp và các Chi cục Hải quan địa phương trong việc xác định thẩm quyền, trình tự và thủ tục hoàn trả khoản thuế GTGT nộp thừa trong quá trình thông quan hàng hóa.

Theo hướng dẫn tại Công văn 3851/TCHQ-TXNK, việc xử lý tiền thuế GTGT nộp thừa được thực hiện dựa trên nguyên tắc phân định rõ ràng giữa khâu hải quan và khâu nội địa, cụ thể như sau:

• Trường hợp doanh nghiệp chưa kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào với cơ quan thuế địa phương: Cơ quan Hải quan nơi phát sinh khoản nộp thừa có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ, kiểm tra và thực hiện hoàn trả tiền thuế GTGT nộp thừa cho người nộp thuế theo đúng quy định pháp luật về quản lý thuế.
• Trường hợp doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào với cơ quan thuế địa phương: Cơ quan Hải quan không thực hiện hoàn trả trực tiếp tiền thuế. Thay vào đó, người nộp thuế phải thực hiện kê khai điều chỉnh, bổ sung với cơ quan thuế quản lý trực tiếp để khấu trừ hoặc hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế GTGT và quản lý thuế nội địa.
• Sự phối hợp giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế: Để đảm bảo tính chính xác, tránh việc hoàn thuế trùng lặp hoặc bỏ sót, cơ quan Hải quan sẽ thực hiện xác nhận số tiền thuế GTGT nộp thừa trên hệ thống hoặc bằng văn bản để làm cơ sở cho cơ quan Thuế nội địa xử lý khấu trừ hoặc hoàn thuế cho doanh nghiệp.

Đối với các trường hợp thuộc thẩm quyền giải quyết của cơ quan Hải quan, doanh nghiệp cần chuẩn bị và thực hiện các bước sau:

• Chuẩn bị hồ sơ: Văn bản đề nghị xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu quy định; các chứng từ nộp thuế (giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước); tờ khai hải quan và các tài liệu liên quan chứng minh có khoản thuế nộp thừa.
• Cam kết của doanh nghiệp: Doanh nghiệp phải tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác của thông tin cung cấp, đặc biệt là cam kết chưa thực hiện kê khai, khấu trừ khoản thuế GTGT này tại cơ quan thuế nội địa.
• Thời hạn giải quyết: Cơ quan Hải quan có trách nhiệm kiểm tra hồ sơ, đối chiếu dữ liệu trên hệ thống kế toán thuế tập trung để ban hành quyết định hoàn thuế hoặc thông báo từ chối (có nêu rõ lý do) trong thời hạn quy định của Luật Quản lý thuế.

Văn bản này mang lại nhiều tác động tích cực đối với cả cơ quan quản lý nhà nước và cộng đồng doanh nghiệp:

• Minh bạch hóa quy trình: Giúp phân định rõ ràng trách nhiệm của cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế, tránh sự chồng chéo hoặc đùn đẩy trách nhiệm trong việc giải quyết quyền lợi cho doanh nghiệp.
• Hỗ trợ dòng vốn cho doanh nghiệp: Tạo hành lang pháp lý rõ ràng để doanh nghiệp nhanh chóng thu hồi lại khoản tiền thuế nộp thừa, từ đó tối ưu hóa hiệu quả sử dụng vốn trong hoạt động sản xuất kinh doanh.
• Tăng cường tính tuân thủ: Khuyến khích doanh nghiệp thực hiện kê khai chính xác, trung thực và lưu trữ hồ sơ khoa học để phục vụ công tác đối chiếu, hậu kiểm của cơ quan chức năng.