Công văn 3913/TCT/NV1 do Tổng cục Thuế ban hành nhằm hướng dẫn các cơ quan thuế địa phương và cộng đồng doanh nghiệp thực hiện thống nhất các quy định về khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào. Đây là văn bản nghiệp vụ quan trọng, giải quyết các vướng mắc thực tế phát sinh trong quá trình kê khai, khấu trừ thuế của người nộp thuế, đảm bảo tính minh bạch và tuân thủ đúng quy định pháp luật.

Phạm vi và đối tượng áp dụng

Văn bản áp dụng đối với tất cả các cơ sở kinh doanh, doanh nghiệp nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ trên phạm vi cả nước, đồng thời là căn cứ hướng dẫn nghiệp vụ cho các Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trong quá trình thanh tra, kiểm tra và quản lý thuế.

Các điều kiện cơ bản để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào

• Phải có hóa đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu, chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo quy định của Bộ Tài chính.
• Phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các hóa đơn mua vào có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên (đã bao gồm thuế GTGT). Trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ nhiều lần trong cùng một ngày của cùng một nhà cung cấp có tổng giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên cũng phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Nguyên tắc phân bổ và khấu trừ thuế GTGT đầu vào

• Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, bao gồm cả các khoản thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hóa bị tổn thất.
• Đối với hàng hóa, dịch vụ sử dụng đồng thời cho cả hoạt động sản xuất kinh doanh chịu thuế và không chịu thuế GTGT, doanh nghiệp phải chủ động hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ. Trường hợp không thể hạch toán riêng, số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ sẽ được phân bổ theo tỷ lệ phần trăm (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra.

Xử lý các trường hợp hóa đơn có sai sót và xác minh hóa đơn

• Đối với các hóa đơn có sai sót về thông tin hành chính như tên, địa chỉ của người mua nhưng ghi đúng mã số thuế thì doanh nghiệp vẫn được xem xét khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu các chứng từ, hồ sơ khác chứng minh được giao dịch mua bán là có thật.
• Trong trường hợp cơ quan thuế phát hiện doanh nghiệp sử dụng hóa đơn của các đơn vị có dấu hiệu bỏ trốn, giải thể hoặc vi phạm pháp luật về hóa đơn, cơ quan thuế sẽ tiến hành thanh tra, kiểm tra và xác minh nguồn gốc hàng hóa thực tế trước khi quyết định chấp nhận hoặc từ chối khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Hiệu lực thi hành và hướng dẫn áp dụng

Công văn 3913/TCT/NV1 có hiệu lực hướng dẫn kể từ ngày ban hành. Các nội dung hướng dẫn tại công văn này được áp dụng đồng bộ với các quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng và các Thông tư hướng dẫn thi hành của Bộ Tài chính hiện hành. Người nộp thuế và cơ quan thuế các cấp có trách nhiệm thực hiện đúng các nội dung hướng dẫn để đảm bảo quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp và tránh thất thu ngân sách nhà nước.