Công văn 3939/TCT-CS được ban hành bởi Tổng cục Thuế nhằm hướng dẫn và làm rõ các quy định về thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hoạt động thu, dọn, xử lý rác và chất phế thải, cũng như hoạt động thoát nước và xử lý nước thải.

Phạm vi và đối tượng áp dụng

Văn bản này áp dụng đối với các cơ quan thuế các cấp, các doanh nghiệp, tổ chức và cá nhân có hoạt động kinh doanh, cung ứng dịch vụ liên quan đến vệ sinh môi trường, thu gom, vận chuyển, xử lý rác thải, chất phế thải, thoát nước và xử lý nước thải trên phạm vi cả nước.

- Trường hợp dịch vụ không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT

• Dịch vụ phục vụ công cộng về vệ sinh, thoát nước đường phố và bể phốt; thu, dọn, xử lý rác và chất phế thải thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo quy định tại Khoản 11 Điều 5 Thông tư số 219/2013/TT-BTC.
• Quy định không chịu thuế GTGT này áp dụng thống nhất, không phân biệt nguồn kinh phí chi trả cho dịch vụ (dù từ ngân sách nhà nước hay từ nguồn thu của người sử dụng dịch vụ).
• Các hoạt động cụ thể bao gồm: quét dọn, thu gom, vận chuyển và xử lý rác thải sinh hoạt; thông hút bể phốt; vận hành hệ thống thoát nước và xử lý nước thải sinh hoạt đô thị, khu dân cư.

- Trường hợp dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế GTGT với thuế suất 10%

• Các dịch vụ thu gom, vận chuyển và xử lý chất thải công nghiệp, chất thải nguy hại phát sinh từ hoạt động sản xuất, kinh doanh của các nhà máy, xí nghiệp, cơ sở sản xuất (không mang tính chất phục vụ công cộng) thuộc đối tượng chịu thuế GTGT với thuế suất 10%.
• Dịch vụ thoát nước và xử lý nước thải công nghiệp cho các doanh nghiệp trong khu công nghiệp, cụm công nghiệp hoặc các cơ sở sản xuất kinh doanh riêng lẻ áp dụng mức thuế suất thuế GTGT là 10%.

- Nguyên tắc phân bổ và khấu trừ thuế GTGT đầu vào

• Doanh nghiệp thực hiện đồng thời cả hoạt động chịu thuế GTGT (như xử lý rác thải công nghiệp) và hoạt động không chịu thuế GTGT (như xử lý rác thải sinh hoạt công cộng) phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ.
• Trường hợp không hạch toán riêng được, thuế GTGT đầu vào được khấu trừ sẽ được phân bổ theo tỷ lệ phần trăm (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra theo quy định của pháp luật về thuế.

Hiệu lực thi hành

Công văn 3939/TCT-CS có hiệu lực hướng dẫn thực hiện kể từ ngày ban hành. Các nội dung hướng dẫn tại văn bản này được áp dụng đồng bộ với các quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng và các văn bản hướng dẫn thi hành hiện hành.