Tóm tắt Công văn 3989/TCHQ-TXNK về khấu trừ hoàn thuế giá trị gia tăng

Công văn 3989/TCHQ-TXNK do Tổng cục Hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng, giải quyết các vướng mắc phát sinh liên quan đến việc khấu trừ và hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa nhập khẩu. Văn bản này giúp thống nhất quy trình thực hiện giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế, đảm bảo quyền lợi hợp pháp cho doanh nghiệp đồng thời phòng chống gian lận thuế.

- Phạm vi áp dụng và nguyên tắc phân định thẩm quyền

• Văn bản hướng dẫn chi tiết việc xử lý thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu nhưng sau đó phải tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài, tái xuất sang nước thứ ba hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan.
• Nguyên tắc phân định: Xác định rõ thẩm quyền hoàn thuế giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế nhằm tránh việc hoàn trùng thuế hoặc bỏ sót đối tượng được hoàn thuế theo quy định của Luật Thuế GTGT và Luật Quản lý thuế.

- Điều kiện và thủ tục khấu trừ, hoàn thuế GTGT

• Doanh nghiệp phải nộp đủ hồ sơ chứng minh hàng hóa thực tế đã nhập khẩu và sau đó đã thực tế xuất khẩu ra khỏi lãnh thổ Việt Nam hoặc vào khu phi thuế quan.
• Phải có chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu và các chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa xuất khẩu theo quy định.
• Doanh nghiệp phải cam kết chưa thực hiện kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào tại cơ quan Thuế địa phương đối với số thuế đề nghị hoàn tại cơ quan Hải quan.

- Cơ chế phối hợp giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế

• Cơ quan Hải quan có trách nhiệm kiểm tra tính chính xác của hồ sơ, đối chiếu dữ liệu trên hệ thống thông tin hải quan để xác định số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu.
• Thực hiện trao đổi, xác minh thông tin với cơ quan Thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp để đảm bảo số thuế đề nghị hoàn chưa được doanh nghiệp kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
• Trường hợp phát hiện doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ thuế GTGT tại cơ quan Thuế thì cơ quan Hải quan không thực hiện hoàn thuế mà hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện bù trừ hoặc xử lý tại cơ quan Thuế.