Công văn số 4043/BTC-CST do Bộ Tài chính ban hành hướng dẫn giải quyết các vướng mắc liên quan đến thuế giá trị gia tăng (GTGT) đã nộp ở khâu nhập khẩu đối với mặt hàng nông sản chưa chế biến hoặc mới qua sơ chế thông thường.

Phạm vi và đối tượng áp dụng: Văn bản áp dụng đối với các doanh nghiệp, hợp tác xã thực hiện hoạt động nhập khẩu sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, hải sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, sau đó bán ra cho các doanh nghiệp, hợp tác xã khác ở khâu kinh doanh thương mại.

- Quy định về thuế GTGT đối với nông sản ở khâu nhập khẩu và thương mại

• Sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến hoặc mới qua sơ chế thông thường khi nhập khẩu thuộc đối tượng chịu thuế GTGT với thuế suất là 5% ở khâu nhập khẩu.
• Khi các doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế theo phương pháp khấu trừ bán các sản phẩm nông sản này cho doanh nghiệp, hợp tác xã khác ở khâu kinh doanh thương mại thì thuộc đối tượng không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT đầu ra.

- Hướng dẫn xử lý thuế GTGT đầu vào đã nộp ở khâu nhập khẩu

• Đối với số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu của hàng nông sản, doanh nghiệp được thực hiện kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo quy định pháp luật.
• Trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã bán sản phẩm nông sản cho doanh nghiệp, hợp tác xã khác (thuộc đối tượng không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT), số thuế GTGT đầu vào đã nộp ở khâu nhập khẩu được kê khai, khấu trừ toàn bộ nếu đáp ứng đủ các điều kiện về hóa đơn và chứng từ thanh toán.
• Trường hợp bán nông sản cho hộ, cá nhân kinh doanh và các tổ chức, cá nhân khác thì phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo thuế suất 5%, và số thuế GTGT đầu vào đã nộp ở khâu nhập khẩu cũng được khấu trừ tương ứng.

- Điều kiện để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào

• Doanh nghiệp phải có chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu hợp pháp (giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước hoặc biên lai nộp thuế).
• Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa nhập khẩu có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên theo đúng quy định của pháp luật về thuế GTGT.

Hiệu lực thi hành: Văn bản có hiệu lực hướng dẫn thực hiện thống nhất cho các cơ quan thuế, cơ quan hải quan địa phương và các doanh nghiệp liên quan nhằm tháo gỡ khó khăn, tránh việc tích tụ thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ đối với mặt hàng nông sản nhập khẩu.