b) Các đơn vị và doanh nghiệp sử dụng đất quốc phòng vào mục đích kinh tế theo phương thức tự đầu tư và triển khai thực hiện các ngành nghề sản xuất kinh doanh phù hợp với chức năng của từng đơn vị và doanh nghiệp. Chủ đầu tư phải là các đơn vị quân đội và doanh nghiệp quân đội.

…

Điều 4. Nguyên tắc quản lý, sử dụng đất quốc phòng vào mục đích kinh tế

1. Đất quốc phòng sử dụng vào mục đích kinh tế chịu sự quản lý tập trung, thống nhất của Bộ Quốc phòng.

2. Việc sử dụng đất quốc phòng vào mục đích kinh tế không được làm ảnh hưởng đến nhiệm vụ sẵn sàng chiến đấu và các nhiệm vụ khác về quân sự, quốc phòng; không làm biến dạng, làm thay đổi mục đích sử dụng đất đã xác định.

3. Đất quốc phòng sử dụng vào mục đích kinh tế phải bảo đảm đúng mục đích được xác định trong phương án sử dụng đất quốc phòng vào mục đích kinh tế đã được Bộ Quốc phòng phê duyệt, đúng pháp luật và phù hợp với quy hoạch phát triển kinh tế - xã hội của địa phương.

4. Tất cả các trường hợp giao đất quốc phòng cho đơn vị và doanh nghiệp sử dụng vào mục đích kinh tế đều phải thực hiện bằng Quyết định giao đất và Quyết định phê duyệt phương án sử dụng đất quốc phòng vào mục đích kinh tế của Bộ Quốc phòng; doanh nghiệp quân đội cổ phần hóa và doanh nghiệp cổ phần quân đội sử dụng đất quốc phòng phải thực hiện hợp đồng thuê đất, bên cho thuê là Bộ Quốc phòng.

…

Điều 6. Hình thức sử dụng đất quốc phòng vào mục đích kinh tế

1. Bộ Quốc phòng ký hợp đồng cho doanh nghiệp quân đội cổ phần hóa, doanh nghiệp cổ phần quân đội thuê đất quốc phòng để làm trụ sở và sử dụng vào hoạt động kinh tế.

2. Bộ Quốc phòng giao đất quốc phòng để đơn vị và doanh nghiệp sử dụng vào mục đích kinh tế.

3. Chuyển mục đích sử dụng và đấu giá quyền sử dụng đất.

…

Điều 9. Nghiêm cấm các hành vi

…

3. Cho thuê lại; chuyển mục đích sử dụng (trừ trường hợp quy định tại khoản 3 Điều 1 Quy chế này); mua bán, cầm cố, thế chấp hoặc chuyển nhượng quyền sử dụng đất.

…"

Tại khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016 của Quốc hội sửa đổi, bổ sung Điều 13 của Luật thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 đã được sửa đổi, bổ sung một số Điều theo Luật số 31/2013/QH13 quy định:

“3. Khoản 1 và Khoản 2 Điều 13 được sửa đổi, bổ sung như sau:

“1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.

Trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.””

Tại khoản 2, khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung  Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:

“2. Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c Khoản 3 Điều này. Trường hợp, nếu số thuế giá trị gia tăng lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.

…

Dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều này là dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.”

Căn cứ hướng dẫn tại Thông tư số 35/2009/TT-BQP ngày 20/07/2009 của Bộ Quốc phòng, về nguyên tắc:

Tất cả các trường hợp giao đất quốc phòng cho đơn vị và doanh nghiệp sử dụng vào mục đích kinh tế đều phải thực hiện bằng Quyết định giao đất và Quyết định phê duyệt phương án sử dụng đất quốc phòng vào mục đích kinh tế của Bộ Quốc phòng; doanh nghiệp quân đội cổ phần hóa và doanh nghiệp cổ phần quân đội sử dụng đất quốc phòng phải thực hiện hợp đồng thuê đất, bên cho thuê là Bộ Quốc phòng.

Theo trình bày của Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa: Công ty Cổ phần Hoàng Thành Nha Trang đề nghị hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư “Trụ sở Chi nhánh, Nhà khách Công ty ACC”. Dự án được xây dựng trên đất Quốc phòng và được Bộ Tư lệnh Phòng không - không quân phê duyệt và giao cho Công ty xây dựng công trình hàng không ACC thuộc Tổng Công ty xây dựng công trình hàng không ACC làm chủ đầu tư. Bộ Tư lệnh Phòng không - không quân phê duyệt cho Tổng Công ty xây dựng công trình hàng không ACC ký hợp đồng kinh tế về việc liên kết, đầu tư khai thác đất Quốc phòng với Công ty Cổ phần Hoàng Thành Nha Trang và ủy quyền cho Công ty CP Hoàng Thành Nha Trang thực hiện dự án, điều hành việc đầu tư xây dựng và khai thác kinh doanh dự án.

Căn cứ các quy định, hướng dẫn nêu trên, Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa đề nghị các bên có liên quan báo cáo Bộ Quốc phòng về việc Bộ Tư lệnh Phòng không - không quân phê duyệt giao đất, phê duyệt hợp đồng kinh tế về việc liên kết, đầu tư khai thác đất Quốc phòng để thực hiện dự án đầu tư nêu trên có phù hợp theo quy định của pháp luật về đất đai và Thông tư số 35/2009/TT-BQP ngày 20/07/2009 của Bộ Quốc phòng hay không? Trên cơ sở ý kiến Bộ Quốc phòng, Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa xử lý việc hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư của Công ty Cổ phần Hoàng Thành Nha Trang theo quy định pháp luật.

Tổng cục Thuế có ý kiến để Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa được biết./.