Công văn 4101/TCT-CS năm 2014 do Tổng cục Thuế ban hành nhằm hướng dẫn cụ thể về việc áp dụng thuế Giá trị gia tăng (GTGT) và hoàn thuế GTGT đối với các dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA). Đây là văn bản hướng dẫn quan trọng giúp các chủ đầu tư, nhà thầu và cơ quan thuế địa phương thống nhất phương án xử lý thuế đối với các chương trình, dự án ODA tại Việt Nam.

- Nguyên tắc áp dụng thuế GTGT đối với dự án ODA viện trợ không hoàn lại

Đối với các dự án sử dụng vốn ODA viện trợ không hoàn lại, chính sách ưu đãi thuế GTGT được quy định rõ ràng nhằm hỗ trợ tối đa cho các hoạt động viện trợ nhân đạo và phát triển:

• Chủ chương trình, dự án hoặc nhà thầu chính, tổ chức do phía nhà tài trợ nước ngoài chỉ định để quản lý chương trình, dự án được hoàn lại số thuế GTGT đã trả khi mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam để phục vụ cho chương trình, dự án.
• Trường hợp nhà thầu chính (không phân biệt là nhà thầu trong nước hay nước ngoài) ký hợp đồng trực tiếp với Chủ dự án ODA viện trợ không hoàn lại để thực hiện dự án thì nhà thầu chính cũng thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho hợp đồng ký với Chủ dự án.
• Việc hoàn thuế GTGT đối với dự án ODA viện trợ không hoàn lại được thực hiện theo thủ tục hoàn thuế nhanh chóng, tạo điều kiện thuận lợi cho việc giải ngân nguồn vốn viện trợ.

- Chính sách thuế GTGT đối với dự án sử dụng vốn vay ODA

Đối với các dự án sử dụng nguồn vốn vay ODA (bao gồm vốn vay ưu đãi và vốn vay thương mại), chính sách thuế GTGT được phân biệt dựa trên phương thức quản lý tài chính của dự án:

• Trường hợp dự án ODA vay ưu đãi được ngân sách nhà nước cấp phát toàn bộ: Chủ đầu tư dự án không được hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ dự án từ nguồn vốn này. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phục vụ dự án được tính vào tổng mức đầu tư hoặc chi phí của dự án.
• Trường hợp dự án ODA vay ưu đãi theo phương thức cho vay lại (chủ đầu tư phải hoàn trả lại vốn vay): Chủ đầu tư dự án được kê khai, khấu trừ và hoàn thuế GTGT đầu vào theo quy định chung như đối với các dự án đầu tư sản xuất kinh doanh thông thường.
• Trường hợp dự án hỗn hợp (vừa được cấp phát vừa được cho vay lại): Việc phân bổ và xử lý thuế GTGT đầu vào được thực hiện tương ứng theo tỷ lệ nguồn vốn cấp phát và vốn cho vay lại của dự án.

- Quy định về hóa đơn và chứng từ khi thực hiện dự án ODA

Để đảm bảo tính hợp pháp và đủ điều kiện được hoàn thuế hoặc khấu trừ thuế GTGT, các đơn vị thực hiện dự án ODA cần lưu ý các quy định về hóa đơn, chứng từ:

• Hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ trong nước phải là hóa đơn GTGT hợp pháp, ghi rõ đầy đủ các chỉ tiêu theo quy định của pháp luật về hóa đơn.
• Trên hóa đơn phải thể hiện rõ tên, địa chỉ, mã số thuế của Chủ dự án hoặc Nhà thầu chính thực hiện dự án ODA.
• Chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với các hàng hóa, dịch vụ mua vào có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên là điều kiện bắt buộc để được khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT.

- Trách nhiệm của các bên liên quan trong việc quản lý thuế dự án ODA

Công văn cũng nhấn mạnh vai trò và trách nhiệm của các cơ quan quản lý và đơn vị thực hiện:

• Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm hướng dẫn, kiểm tra và thực hiện hoàn thuế GTGT kịp thời, đúng đối tượng và đúng quy định pháp luật cho các dự án ODA trên địa bàn quản lý.
• Chủ đầu tư và nhà thầu chính có trách nhiệm kê khai trung thực, chính xác số thuế GTGT đầu vào đề nghị hoàn, đồng thời xuất trình đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh nguồn vốn ODA được phê duyệt theo đúng quy định của Bộ Tài chính.