Công văn 4465/TCHQ-KTTT do Tổng cục Hải quan ban hành hướng dẫn chi tiết về thời hạn nộp hồ sơ xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Văn bản này nhằm tháo gỡ các vướng mắc phát sinh trong thực tế, thống nhất quy trình thực hiện tại các cục hải quan tỉnh, thành phố, đảm bảo quyền lợi hợp pháp của người nộp thuế cũng như nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước về hải quan.

Phạm vi áp dụng của công văn tập trung vào việc hướng dẫn thời hạn, thủ tục tiếp nhận và xử lý các hồ sơ hoàn thuế nhập khẩu nộp thừa theo quy định của pháp luật về quản lý thuế. Đối tượng áp dụng bao gồm các cơ quan hải quan, công chức hải quan thực hiện công tác quản lý thuế và các tổ chức, cá nhân có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu phát sinh nghĩa vụ thuế nộp thừa.

- Quy định về thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế nhập khẩu nộp thừa

• Thời hạn để người nộp thuế nộp hồ sơ yêu cầu xử lý tiền thuế nhập khẩu, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa là 05 năm kể từ ngày nộp tiền vào Ngân sách Nhà nước. Quy định này được thực hiện thống nhất theo quy định của Luật Quản lý thuế hiện hành.
• Trường hợp quá thời hạn 05 năm kể từ ngày nộp tiền vào Ngân sách Nhà nước mà người nộp thuế mới nộp hồ sơ yêu cầu hoàn trả thì cơ quan hải quan không có cơ sở pháp lý để tiếp nhận và giải quyết xử lý khoản tiền nộp thừa này.
• Thời điểm xác định ngày nộp tiền vào Ngân sách Nhà nước được căn cứ trên chứng từ nộp tiền có xác nhận của Kho bạc Nhà nước hoặc ngân hàng thương mại phối hợp thu theo đúng quy định.

- Trách nhiệm của cơ quan hải quan trong việc tiếp nhận và xử lý hồ sơ

• Cơ quan hải quan nơi phát sinh khoản tiền nộp thừa có trách nhiệm tiếp nhận, kiểm tra tính hợp lệ, đầy đủ của hồ sơ do người nộp thuế nộp trực tiếp hoặc gửi qua hệ thống dịch vụ công trực tuyến.
• Thực hiện đối chiếu thông tin nộp thuế trên hệ thống kế toán thuế tập trung của ngành hải quan với chứng từ nộp thuế của người nộp thuế để xác định chính xác số tiền thuế nộp thừa thực tế.
• Trong quá trình giải quyết, nếu phát hiện hồ sơ chưa đầy đủ hoặc có điểm chưa rõ ràng, cơ quan hải quan phải thông báo bằng văn bản hoặc qua hệ thống điện tử cho người nộp thuế trong thời hạn quy định để kịp thời bổ sung, giải trình.

- Phương thức xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa

• Sau khi xác định chính xác số tiền nộp thừa và tính hợp lệ của hồ sơ, cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa cho người nộp thuế.
• Số tiền nộp thừa được xử lý theo thứ tự ưu tiên: bù trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ của người nộp thuế; hoặc bù trừ vào số thuế phải nộp của lần nhập khẩu tiếp theo; hoặc hoàn trả trực tiếp vào tài khoản của người nộp thuế nếu không còn nợ thuế.
• Mọi giao dịch xử lý hoàn thuế, bù trừ thuế phải được cập nhật đầy đủ, kịp thời vào hệ thống quản lý thuế tập trung để đảm bảo tính chính xác của dữ liệu nợ thuế toàn ngành.

Công văn 4465/TCHQ-KTTT có hiệu lực hướng dẫn thực hiện kể từ ngày ban hành. Các Cục Hải quan tỉnh, thành phố có trách nhiệm phổ biến, quán triệt nội dung hướng dẫn đến toàn thể công chức hải quan thuộc quyền quản lý và thông báo rộng rãi cho người nộp thuế trên địa bàn biết để nghiêm túc thực hiện.