Công văn 4939/TCT-CS năm 2015 do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng, giải đáp các vướng mắc thực tế của doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương về chính sách miễn tiền thuê đất đối với dự án đầu tư. Nội dung công văn tập trung làm rõ các điều kiện, nguyên tắc và thủ tục áp dụng ưu đãi miễn tiền thuê đất trong giai đoạn xây dựng cơ bản cũng như giai đoạn hoạt động của dự án.

- Miễn tiền thuê đất trong thời gian xây dựng cơ bản

Tổng cục Thuế hướng dẫn chi tiết về quyền lợi miễn tiền thuê đất của chủ đầu tư trong giai đoạn chuẩn bị và thực hiện xây dựng dự án:

• Dự án đầu tư được Nhà nước cho thuê đất được miễn tiền thuê đất, thuê mặt nước trong thời gian xây dựng cơ bản theo dự án được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
• Thời gian được miễn tiền thuê đất tối đa không quá 03 năm kể từ ngày có quyết định cho thuê đất hoặc thuê mặt nước của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền.
• Việc miễn tiền thuê đất trong thời gian xây dựng cơ bản chỉ được thực hiện đối với từng dự án đầu tư cụ thể gắn liền với việc Nhà nước cho thuê đất mới, không áp dụng cho các trường hợp nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất hoặc thuê lại đất trong khu công nghiệp.
• Chủ đầu tư có trách nhiệm phối hợp với cơ quan chức năng để xác định và chứng minh thời gian xây dựng cơ bản thực tế của dự án nhằm làm cơ sở tính toán thời gian miễn thuế chính xác.

- Miễn tiền thuê đất sau thời gian xây dựng cơ bản theo ưu đãi đầu tư

Sau khi kết thúc thời gian xây dựng cơ bản được miễn, dự án đầu tư tiếp tục được xem xét miễn tiền thuê đất cho giai đoạn hoạt động dựa trên các tiêu chí ưu đãi:

• Thời hạn miễn tiền thuê đất tiếp theo được xác định cụ thể dựa trên danh mục lĩnh vực ưu đãi đầu tư hoặc địa bàn ưu đãi đầu tư (địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn hoặc đặc biệt khó khăn) theo quy định của pháp luật về đầu tư.
• Trường hợp một dự án đầu tư đáp ứng nhiều tiêu chuẩn miễn, giảm tiền thuê đất khác nhau thì chủ đầu tư được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi cao nhất tương ứng với điều kiện thực tế của dự án.
• Các dự án thuộc lĩnh vực đặc biệt khuyến khích đầu tư hoặc triển khai tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn sẽ được hưởng khung thời gian miễn tiền thuê đất tối đa theo quy định tại Nghị định số 46/2014/NĐ-CP.

- Nguyên tắc và thủ tục hành chính áp dụng ưu đãi thuế

Công văn nhấn mạnh tính pháp lý và trình tự thủ tục mà người nộp thuế và cơ quan thuế phải tuân thủ:

• Cơ quan thuế trực tiếp quản lý căn cứ vào hồ sơ địa chính, hồ sơ xin miễn tiền thuê đất do người nộp thuế cung cấp và các văn bản pháp luật hiện hành để ban hành quyết định miễn tiền thuê đất cụ thể.
• Người nộp thuế có nghĩa vụ tự kê khai và nộp hồ sơ đề nghị miễn, giảm tiền thuê đất đến cơ quan thuế. Trường hợp người nộp thuế chậm nộp hồ sơ đề nghị, thời gian được miễn tiền thuê đất chỉ được tính cho thời gian ưu đãi còn lại tính từ thời điểm nộp đủ hồ sơ hợp lệ theo quy định.
• Trong quyết định miễn tiền thuê đất của cơ quan thuế phải ghi rõ thời gian bắt đầu được miễn và thời gian kết thúc miễn tiền thuê đất để làm căn cứ quản lý, giám sát nghĩa vụ tài chính của doanh nghiệp.

- Quy định chuyển tiếp và lưu ý đối với người nộp thuế

Để đảm bảo quyền lợi hợp pháp cho các dự án đầu tư có sự giao thoa giữa các thời kỳ luật pháp, Tổng cục Thuế hướng dẫn nguyên tắc xử lý chuyển tiếp:

• Đối với các dự án đầu tư đã được cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư có ghi mức ưu đãi về tiền thuê đất cao hơn mức quy định tại Nghị định số 46/2014/NĐ-CP thì dự án tiếp tục được hưởng mức ưu đãi cao đó cho thời gian ưu đãi còn lại.
• Trường hợp mức ưu đãi ghi trong Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư thấp hơn mức ưu đãi quy định tại Nghị định số 46/2014/NĐ-CP thì dự án được điều chỉnh hưởng mức ưu đãi mới cao hơn cho thời gian ưu đãi còn lại của dự án.
• Doanh nghiệp cần chủ động theo dõi tiến độ dự án, hoàn thiện hồ sơ pháp lý về đất đai và xây dựng để nộp hồ sơ miễn tiền thuê đất đúng thời hạn quy định, tránh rủi ro bị truy thu tiền thuê đất do chậm trễ thủ tục hành chính.