Trả lời công văn số 4604/CT-TTHT ngày 05/10/2010 của Cục Thuế tỉnh Đồng Nai về kê khai, nộp thuế GTGT của Chi nhánh Shell Cà Mau, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại Điểm 2 Mục II Phần C Thông tư số 120/2003/TT-BTC ngày 12/12/2003 của Bộ Tài chính về thuế GTGT hướng dẫn về một số trường hợp kê khai thuế GTGT phải nộp NSNN như sau:

“Đối với các Tổng công ty, Công ty có các cơ sở trực thuộc, việc kê khai thuế GTGT phải nộp thực hiện như sau:

+ Các cơ sở hạch toán độc lập và các cơ sở hạch toán phụ thuộc như Công ty, xí nghiệp, nhà máy, chi nhánh, cửa hàng có tư cách pháp nhân không đầy đủ, có con dấu và tài khoản tại ngân hàng trực tiếp bán hàng hoá, dịch vụ, phát sinh doanh thu phải kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ tại địa phương nơi cơ sở kinh doanh đóng trụ sở.

+ Trường hợp cơ sở hạch toán phụ thuộc ở khác địa phương nơi đóng trụ sở chính của Văn phòng Công ty, Tổng Công ty, không có tư cách pháp nhân, không có con dấu và tài khoản tiền gửi tại ngân hàng trực tiếp bán hàng hoá, dịch vụ, phát sinh doanh thu thì cơ sở hạch toán phụ thuộc phải kê khai, nộp thuế GTGT tại địa phương nơi phát sinh doanh thu theo tỷ lệ 2% trên doanh thu chưa có thuế GTGT đối với hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng áp dụng thuế suất 5%, tỷ lệ 3% trên doanh thu chưa có thuế GTGT đối với hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng áp dụng thuế suất 10%. Tổng Công ty, Công ty có trách nhiệm kê khai, quyết toán thuế GTGT theo chế độ quy định với cơ quan Thuế nơi đóng trụ sở chính. Số thuế GTGT cơ sở hạch toán phụ thuộc đã nộp tại địa phương được tính vào số thuế GTGT đã nộp khi Công ty, Tổng Công ty kê khai nộp thuế GTGT tại Văn phòng trụ sở chính. Công ty, Tổng Công ty có trách nhiệm đăng ký cấp mã số thuế cho cơ sở hạch toán phụ thuộc, cơ sở hạch toán phụ thuộc sử dụng hoá đơn của đơn vị cấp trên; sử dụng Tờ khai thuế GTGT (theo mẫu số 07C/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này).”

“Cơ sở là đơn vị hạch toán phụ thuộc ở khác địa phương với trụ sở của cơ sở chính như chi nhánh, cửa hàng... trực tiếp bán hàng hoá, dịch vụ, căn cứ vào hoá đơn đầu vào, đầu ra của hàng hoá nhận điều chuyển và hàng hoá do cơ sở trực tiếp mua vào, bán ra để kê khai, nộp thuế GTGT tại địa phương nơi cơ sở phụ thuộc đóng trụ sở.”

Tại Điểm 2.10 Mục II Phần C Thông tư số 32/2007/TT-BTC ngày 09/4/2007 của Bộ Tài chính về thuế GTGT hướng dẫn về kê khai thuế GTGT phải nộp NSNN như sau:

“2.10- Đối với các Tổng Công ty, Công ty có các cơ sở trực thuộc, việc kê khai thuế GTGT phải nộp thực hiện như sau:

a- Các cơ sở hạch toán độc lập và các cơ sở hạch toán phụ thuộc như Công ty, xí nghiệp, nhà máy, chi nhánh, cửa hàng có tư cách pháp nhân không đầy đủ, có con dấu và tài khoản tại Ngân hàng trực tiếp bán hàng hoá, dịch vụ, phát sinh doanh thu phải kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ tại địa phương nơi cơ sở kinh doanh đóng trụ sở.

b- Trường hợp cơ sở hạch toán phụ thuộc ở khác địa phương nơi đóng trụ sở chính của Văn phòng Công ty, Tổng Công ty, không có tư cách pháp nhân, không có con dấu và tài khoản tiền gửi tại ngân hàng trực tiếp bán hàng hoá, dịch vụ, phát sinh doanh thu thì Công ty, Tổng Công ty có trách nhiệm đăng ký cấp mã số thuế cho cơ sở hạch toán phụ thuộc, cơ sở hạch toán phụ thuộc sử dụng hoá đơn của đơn vị cấp trên; Công ty, Tổng Công ty sử dụng tờ khai thuế GTGT (theo mẫu số 07C/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này) để kê khai, nộp thuế GTGT tại địa phương nơi phát sinh doanh thu theo tỷ lệ 1% trên doanh thu chưa có thuế GTGT đối với hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng áp dụng thuế suất 5%, tỷ lệ 2% trên doanh thu chưa có thuế GTGT đối với hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng áp dụng thuế suất 10%. Tổng Công ty, Công ty có trách nhiệm kê khai, xác định số thuế GTGT chính thức phải nộp theo chế độ quy định với cơ quan thuế nơi đóng trụ sở chính. Số thuế GTGT cơ sở hạch toán phụ thuộc đã nộp tại địa phương được tính vào số thuế GTGT đã nộp khi Công ty, Tổng Công ty kê khai nộp thuế GTGT tại Văn phòng trụ sở chính”.

Căn cứ hướng dẫn trên, trường hợp Công ty TNHH Shell Việt Nam trụ sở chính tại Đồng Nai có chi nhánh phụ thuộc tại Cà Mau (chi nhánh Shell Cà Mau); chi nhánh Shell tại Cà Mau có con dấu, có mã số thuế đơn vị trực thuộc nhưng không có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng (do Công ty TNHH Shell Việt Nam không mở tài khoản cho chi nhánh) có trực tiếp bán hàng hoá, dịch vụ phát sinh doanh thu tại Cà Mau và có đăng ký sử dụng hoá đơn tự in với Cục Thuế tỉnh Cà Mau thì về nguyên tắc Công ty tại Đồng Nai phải thực hiện kê khai nộp thuế GTGT tại Cà Mau theo tỷ lệ % trên doanh thu chưa có thuế GTGT đối với hàng hoá, dịch vụ chi nhánh Cà Mau bán ra. Số thuế GTGT Chi nhánh Shell đã nộp tại Cà Mau được tính vào số thuế GTGT đã nộp khi Công ty kê khai nộp thuế tại trụ sở chính ở Đồng Nai.

Tuy nhiên việc Chi nhánh Shell tại Cà Mau đã thực hiện kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ trong suốt một thời gian dài (từ năm 2004 đến năm 2009 – năm giải thể Chi nhánh) và đã nộp hồ sơ khai thuế theo đúng quy định nhưng Cục thuế Cà Mau không có biện pháp hướng dẫn kịp thời cho Chi nhánh điều chỉnh lại phướng pháp kê khai thuế. Để tạo thuận lợi cho doanh nghiệp, đề nghị Cục thuế tỉnh Đồng Nai kiểm tra số thuế Công ty đã nộp tại Đồng Nai, phối hợp với Cục thuế tỉnh Cà Mau xác định nếu Công ty và Chi nhánh Shell Cà Mau nộp thuế đầy đủ, không thiếu thuế thì không yêu cầu doanh nghiệp phải kê khai, điều chỉnh và nộp thuế GTGT tại Cà Mau.

Tổng cục Thuế trả lời để các Cục Thuế được biết và phối hợp hướng dẫn doanh nghiệp cụ thể./.