Công văn 5233/TCHQ-TXNK năm 2019 do Tổng cục Hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng nhằm thống nhất việc áp dụng thuế suất thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với mặt hàng nguyên liệu nhập khẩu dùng để sản xuất thuốc. Văn bản này giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình làm thủ tục hải quan của doanh nghiệp và cơ quan hải quan địa phương, đảm bảo thực hiện đúng quy định của pháp luật về thuế và dược phẩm.

- Căn cứ pháp lý áp dụng thuế giá trị gia tăng đối với nguyên liệu làm thuốc

Tổng cục Hải quan đưa ra hướng dẫn dựa trên hệ thống văn bản quy phạm pháp luật hiện hành về thuế và quản lý dược phẩm, bao gồm:

• Luật Thuế giá trị gia tăng và các Luật sửa đổi, bổ sung liên quan, quy định về danh mục hàng hóa chịu thuế suất ưu đãi.
• Luật Dược năm 2016, quy định chi tiết về khái niệm dược chất, tá dược, vỏ nang và các loại nguyên liệu được phép sử dụng để sản xuất thuốc.
• Thông tư số 26/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng và quản lý thuế, trong đó quy định mức thuế suất 5% đối với thiết bị, dụng cụ y tế và dược phẩm, bao gồm cả nguyên liệu làm thuốc ở khâu nhập khẩu.

- Điều kiện để nguyên liệu nhập khẩu được hưởng thuế suất thuế GTGT 5%

Để được áp dụng mức thuế suất ưu đãi 5% ở khâu nhập khẩu, doanh nghiệp phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện nghiêm ngặt về hồ sơ và mục đích sử dụng:

• Về bản chất hàng hóa: Mặt hàng nhập khẩu phải là nguyên liệu trực tiếp dùng để sản xuất thuốc, bao gồm dược chất (hoạt chất), tá dược, vỏ nang hoặc dược liệu đã qua sơ chế.
• Về giấy phép nhập khẩu: Doanh nghiệp phải xuất trình được Giấy phép nhập khẩu do Bộ Y tế (Cục Quản lý Dược) cấp theo quy định của Luật Dược.
• Về giấy đăng ký lưu hành: Trường hợp không có giấy phép nhập khẩu riêng biệt, nguyên liệu phải có Giấy đăng ký lưu hành thuốc, nguyên liệu làm thuốc còn hiệu lực tại Việt Nam.
• Mục đích sử dụng: Nguyên liệu nhập khẩu phải được chứng minh rõ ràng là phục vụ cho quá trình sản xuất, bào chế thuốc thành phẩm, không sử dụng cho các mục đích phi y tế khác.

- Trường hợp áp dụng mức thuế suất thuế GTGT thông thường 10%

Công văn cũng làm rõ các trường hợp không được hưởng ưu đãi thuế suất 5% nhằm tránh việc trục lợi chính sách:

• Các mặt hàng nhập khẩu tuy có tên gọi tương tự nhưng không có giấy phép nhập khẩu làm thuốc hoặc không có giấy đăng ký lưu hành do Bộ Y tế cấp.
• Các hóa chất, dung môi, nguyên liệu đa dụng vừa có thể dùng trong ngành dược vừa có thể dùng trong các ngành công nghiệp khác (như mỹ phẩm, thực phẩm, hóa chất công nghiệp) mà không chứng minh được mục đích sử dụng duy nhất cho sản xuất thuốc.
• Các trường hợp doanh nghiệp không xuất trình đầy đủ chứng từ, hồ sơ hải quan hợp lệ theo quy định tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan.

- Hướng dẫn tổ chức thực hiện đối với cơ quan hải quan địa phương

Để đảm bảo tính đồng bộ và minh bạch, Tổng cục Hải quan yêu cầu Cục Hải quan các tỉnh, thành phố thực hiện các nội dung sau:

• Tăng cường công tác kiểm tra hồ sơ, đối chiếu thực tế hàng hóa nhập khẩu với các chứng từ do Bộ Y tế cấp để áp dụng đúng mức thuế suất thuế GTGT.
• Chủ động phối hợp với các cơ quan quản lý chuyên ngành y tế trong trường hợp phát sinh nghi ngờ về chủng loại, bản chất hoặc mục đích sử dụng của nguyên liệu nhập khẩu.
• Hướng dẫn, tạo điều kiện thuận lợi cho các doanh nghiệp dược phẩm thực hiện thủ tục thông quan nhanh chóng, đồng thời xử lý nghiêm các hành vi khai sai mã số, khai sai thuế suất để gian lận thuế.