Kính gửi: Cục Hải quan các tỉnh, thành phố.

Căn cứ Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; Nghị định số 149/2005/NĐ-CP ngày 08/12/2005 của Chính phủ; Nghị định số 87/2010/NĐ-CP ngày 13/8/2010 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; Thông tư số 79/2009/TT-BTC ngày 20/4/2009 của Bộ Tài chính, Thông tư số 194/2010/TT-BTC ngày 06/12/2010 của Bộ Tài chính, thì một trong những loại giấy tờ doanh nghiệp phải nộp cho cơ quan hải quan khi thanh khoản, hoàn thuế là tờ khai bản chính (bản người khai hải quan lưu) để cơ quan hải quan ghi việc hoàn thuế, không thu thuế trên tờ khai hải quan bản chính (bản cơ quan hải quan lưu và bản người khai hải quan lưu), sau đó trả lại tờ khai hải quan bản chính người khai hải quan lưu cho người nộp thuế;

Căn cứ Điều 74 Luật Hải quan sửa đổi, bổ sung quy định về việc Bộ Tài chính chịu trách nhiệm trước Chính phủ thực hiện thống nhất quản lý nhà nước về hải quan;

Bộ Tài chính hướng dẫn việc thực hiện thanh khoản, hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa thuộc đối tượng hoàn thuế theo hướng dẫn tại Điều 112 Thông tư số 79/2009/TT-BTC ngày 20/4/2009 (nay là Điều 113 Thông tư số 194/2010/TT-BTC ngày 06/12/2010) của Bộ Tài chính hoặc thuộc đối tượng miễn thuế nhập khẩu hàng hóa phục vụ hợp đồng gia công, nếu khi làm thủ tục thanh khoản, hoàn thuế người nộp thuế không nộp được bản chính tờ khai hải quan người khai hải quan lưu và có văn bản đề nghị với cơ quan nơi làm thủ tục hải quan được sao và được sử dụng tờ khai sao y bản chính từ bản chính tờ khai cơ quan Hải quan lưu để làm cơ sở thanh khoản, hoàn thuế thì cơ quan hải quan thực hiện theo quy trình như sau:

I) Đối với trường hợp nhập khẩu, xuất khẩu tại cùng một Chi cục Hải quan (trừ trường hợp thuộc đối tượng hoàn thuế tại khoản 5, khoản 7, khoản 8 Điều 113 thì xử lý theo hướng dẫn tại mục II công văn này):

Bước 1: Căn cứ văn bản khai báo bị mất tờ khai, đề nghị được sao y và được sử dụng tờ khai sao y bản chính tờ khai của người nộp thuế để thanh khoản, hoàn thuế, Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục hải quan thực hiện:

- Kiểm tra hồ sơ và các văn bản chứng minh việc mất tờ khai:

- Trường hợp có đủ cơ sở xác định việc khai báo là phù hợp, thì thực hiện: Sao y bản chính 01 bản từ bản chính tờ khai cơ quan Hải quan lưu. Mỗi tờ khai chỉ được sao y bản chính 01 lần và 01 bản, đồng thời phải ghi chú lên tờ khai bản lưu tại cơ quan hải quan (bản chính) để tránh sao y bản chính nhiều lần. Nội dung ghi trên tờ khai “tờ khai đã được sao y bản chính 01 bản ngày… tháng … năm”.

- Xử lý vi phạm đối với trường hợp người nộp thuế có hành vi gian lận hoặc có vi phạm.

Thời hạn xử lý trong vòng 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản của người nộp thuế.

Đồng thời, Chi Cục Hải quan nơi làm thủ tục có văn bản thông báo gửi các Cục Hải quan tỉnh, thành phố trên toàn quốc về việc doanh nghiệp khai báo mất tờ khai (bản lưu người khai hải quan) và xin sao tờ khai hải quan để làm cơ sở thanh khoản, hoàn thuế; tờ khai gốc bản lưu người khai hải quan không còn giá trị sử dụng để thanh khoản, hoàn thuế nhập khẩu, xuất khẩu trên toàn quốc và dừng ngay việc thực hiện thanh khoản, hoàn thuế cho các tờ khai gốc bản lưu người khai hải quan doanh nghiệp khai báo bị mất (nếu có).

Bước 2: Căn cứ hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế; bản sao y bản chính từ tờ khai cơ quan hải quan lưu, cơ quan hải quan nơi hoàn thuế thực hiện đối chiếu dữ liệu trên hệ thống kế toán KT559, chương trình quản lý hàng gia công, các nguồn thông tin khác (nếu có); thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo hướng dẫn tại khoản 5 Điều 127 Thông tư 79/2009/TT-BTC hoặc khoản 5 Điều 128 Thông tư 194/2011/TT-BTC và thực hiện:

- Thanh khoản, hoàn thuế cho doanh nghiệp nếu qua kết quả kiểm tra có cơ sở xác định hàng hóa thuộc đối tượng được thanh khoản, hoàn thuế và hàng hóa thuộc tờ khai doanh nghiệp đề nghị sao y bản chính chưa được giải quyết thanh khoản, hoàn thuế.

- Xử lý vi phạm đối với trường hợp người nộp thuế có hành vi gian lận hoặc có vi phạm.

II) Đối với trường hợp khác:

Bước 1: Căn cứ văn bản khai báo bị mất tờ khai, đề nghị được sao và được sử dụng tờ khai sao y bản chính tờ khai của người nộp thuế, Chi Cục Hải quan nơi làm thủ tục cho tờ khai doanh nghiệp khai báo bị mất và đề nghị được sao y bản chính thực hiện:

Có văn bản đề nghị các Cục Hải quan tỉnh, thành phố có văn bản xác nhận chưa giải quyết thanh khoản, hoàn thuế cho tờ khai doanh nghiệp khai báo bị mất và đề nghị không thực hiện thanh khoản, hoàn thuế cho các tờ khai bản gốc doanh nghiệp khai báo bị mất.

Các Cục Hải quan tỉnh, thành phố, trong thời gian 10 ngày kể từ ngày nhận được văn bản của người nộp thuế có trách nhiệm kiểm tra, đối chiếu hệ thống kế toán KT559, các chương trình quản lý hàng gia công, sản xuất xuất khẩu … nếu kết quả kiểm tra xác định người nộp thuế chưa thanh khoản, hoàn thuế cho tờ khai doanh nghiệp khai báo bị mất thì có văn bản xác nhận/trả lời cơ quan hải quan nơi làm thủ tục cho tờ khai doanh nghiệp khai báo bị mất về việc tờ khai đó chưa thanh khoản, hoàn thuế và chịu trách nhiệm về nội dung xác nhận của mình, đồng thời không xử lý thanh khoản, hoàn thuế cho các tờ khai doanh nghiệp khai báo bị mất.

Bước 2: Sau khi nhận được đầy đủ các văn bản xác nhận của các Cục Hải quan tỉnh, thành phố nêu rõ chưa thanh khoản, hoàn thuế cho bản gốc tờ khai bị mất, cơ quan hải quan thực hiện:

+ Kiểm tra hồ sơ và các văn bản chứng minh việc mất tờ khai;

+ Trường hợp có đủ cơ sở xác định việc khai báo là phù hợp thì sao y bản chính 01 bản từ bản chính tờ khai cơ quan Hải quan lưu. Mỗi tờ khai chỉ được sao y bản chính 01 lần và 01 bản, đồng thời phải ghi chú lên tờ khai bản lưu tại cơ quan hải quan (bản chính) để tránh sao y bản chính nhiều lần. Nội dung ghi trên tờ khai “tờ khai đã được sao y bản chính 01 bản ngày… tháng… năm”.

+ Xử lý vi phạm đối với trường hợp người nộp thuế có hành vi gian lận hoặc có vi phạm.

Thời hạn xử lý trong vòng 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đầy đủ văn bản xác nhận của các Cục Hải quan tỉnh, thành phố.

Đồng thời, Chi Cục Hải quan nơi làm thủ tục có văn bản thông báo gửi các Cục Hải quan tỉnh, thành phố về việc doanh nghiệp khai báo mất tờ khai (bản lưu người khai hải quan) và xin sao tờ khai hải quan để làm cơ sở thanh khoản, hoàn thuế; tờ khai gốc bản lưu người khai hải quan không còn giá trị sử dụng để thanh khoản, hoàn thuế nhập khẩu, xuất khẩu trên toàn quốc.

Bước 3: Căn cứ văn bản đề nghị được sử dụng tờ khai sao trong hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế của người nộp thuế, Chi Cục hải quan nơi thanh khoản, hoàn thuế căn cứ hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế, tờ khai sao y bản chính cơ quan hải quan lưu, thực hiện đối chiếu dữ liệu trên hệ thống kế toán KT559; các chương trình quản lý hàng gia công, sản xuất xuất khẩu … các nguồn thông tin khác (nếu có); thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo hướng dẫn tại khoản 5 Điều 127 Thông tư 79/2009/TT-BTC hoặc khoản 5 Điều 128 Thông tư 194/2011/TT-BTC và thực hiện:

- Thanh khoản, hoàn thuế cho doanh nghiệp nếu qua kết quả kiểm tra có cơ sở xác định hàng hóa thuộc đối tượng được thanh khoản, hoàn thuế và hàng hóa thuộc tờ khai doanh nghiệp đề nghị sao y bản chính chưa được giải quyết thanh khoản, hoàn thuế.

- Xử lý vi phạm đối với trường hợp người nộp thuế có hành vi gian lận hoặc có vi phạm.

Bộ Tài chính thông báo để các Cục Hải quan tỉnh, thành phố biết và thực hiện. Trong quá trình thực hiện nếu phát sinh vướng mắc thì kịp thời báo cáo về Tổng cục Hải quan để được hướng dẫn cụ thể./.