Công văn 5611/TCHQ-KTTT do Tổng cục Hải quan ban hành nhằm tháo gỡ các vướng mắc phát sinh trong quá trình áp dụng thuế suất thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa nhập khẩu, đặc biệt tập trung vào nhóm mặt hàng trang thiết bị y tế. Văn bản đưa ra các hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng giúp cơ quan hải quan địa phương và doanh nghiệp thực hiện thống nhất, đúng quy định pháp luật.

• Xác định rõ các loại trang thiết bị y tế chuyên dùng thuộc đối tượng áp dụng mức thuế suất thuế GTGT ưu đãi 5% theo quy định của Luật Thuế giá trị gia tăng và các văn bản hướng dẫn thi hành.
• Yêu cầu hàng hóa nhập khẩu phải được phân loại là trang thiết bị y tế theo đúng quy định của pháp luật về y tế và phải có đầy đủ giấy tờ pháp lý do cơ quan có thẩm quyền cấp.
• Đối với các bộ phận, linh kiện nhập khẩu đồng bộ đi kèm với thiết bị chính để lắp ráp hoặc vận hành thì được áp dụng cùng mức thuế suất của thiết bị chính. Trường hợp nhập khẩu rời để thay thế, sửa chữa thì phải áp dụng thuế suất theo mã hàng thực tế nhập khẩu.

• Doanh nghiệp khi làm thủ tục hải quan phải xuất trình Giấy phép nhập khẩu do Bộ Y tế cấp hoặc Giấy chứng nhận đăng ký lưu hành trang thiết bị y tế còn hiệu lực tại thời điểm đăng ký tờ khai.
• Các chứng từ kỹ thuật, tài liệu kèm theo phải thể hiện rõ công năng, mục đích sử dụng chuyên dùng trong y tế của mặt hàng nhập khẩu để làm cơ sở đối chiếu, kiểm tra.
• Trường hợp doanh nghiệp không cung cấp đủ hồ sơ, chứng từ hợp lệ theo quy định tại thời điểm thông quan, cơ quan hải quan sẽ thực hiện áp dụng mức thuế suất GTGT thông thường (10%).

• Đối với các mặt hàng có sự giao thoa về công dụng (vừa dùng trong y tế vừa dùng cho mục đích tiêu dùng thông thường), cơ quan hải quan phải căn cứ vào bản chất hàng hóa, tài liệu kỹ thuật của nhà sản xuất và giấy phép của Bộ Y tế để quyết định áp thuế.
• Trong quá trình thực hiện, nếu phát sinh vướng mắc vượt thẩm quyền hoặc có sự khác biệt về cách hiểu giữa cơ quan hải quan và doanh nghiệp, Cục Hải quan địa phương phải kịp thời báo cáo Tổng cục Hải quan để phối hợp với Bộ Y tế và Bộ Tài chính giải quyết.

• Cơ quan hải quan các cấp tăng cường công tác kiểm tra trong thông quan và kiểm tra sau thông quan đối với các lô hàng được hưởng thuế suất GTGT ưu đãi nhằm ngăn chặn hành vi gian lận thương mại, khai sai chủng loại để trốn thuế.
• Doanh nghiệp nhập khẩu phải chịu trách nhiệm hoàn toàn trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của hồ sơ, tài liệu và thông tin khai báo hải quan liên quan đến mặt hàng trang thiết bị y tế nhập khẩu.