Công văn 588/TCHQ-GSQL do Tổng cục Hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan. Văn bản tập trung vào việc tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp khi thực hiện thanh khoản các tờ khai xuất khẩu hàng hóa nhưng đăng ký sai mã loại hình (ví dụ: đăng ký nhầm sang mã loại hình xuất khẩu kinh doanh thay vì loại hình sản xuất xuất khẩu hoặc gia công).

• Nguyên tắc xem xét và giải quyết: Cơ quan hải quan cấp cơ sở sẽ tiến hành kiểm tra, đối chiếu thực tế hoạt động nhập khẩu nguyên liệu, quá trình sản xuất và xuất khẩu sản phẩm của doanh nghiệp. Nếu xác định được bản chất hàng hóa xuất khẩu được sản xuất từ nguồn nguyên liệu nhập khẩu hợp pháp và việc sai sót chỉ là do khai nhầm mã loại hình trên tờ khai, cơ quan hải quan sẽ xem xét chấp nhận thanh khoản.
• Yêu cầu về hồ sơ chứng minh của doanh nghiệp: Doanh nghiệp có nghĩa vụ cung cấp đầy đủ các chứng từ chứng minh tính trung thực của giao dịch bao gồm: định mức sử dụng nguyên liệu, chứng từ thanh toán qua ngân hàng, hợp đồng xuất khẩu, báo cáo quyết toán và các tài liệu kỹ thuật liên quan để chứng minh mối quan hệ giữa nguyên liệu nhập khẩu và sản phẩm xuất khẩu thực tế.
• Xử lý nghĩa vụ thuế liên quan: Hướng dẫn chi tiết cách thức xử lý thuế nhập khẩu, hoàn thuế hoặc không thu thuế đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu tương ứng với lượng sản phẩm đã thực tế xuất khẩu. Việc này đảm bảo quyền lợi tài chính hợp pháp cho doanh nghiệp, tránh việc bị áp thuế hai lần do lỗi hành chính trong khâu khai báo.
• Trách nhiệm kiểm tra của Hải quan địa phương: Cục Hải quan các tỉnh, thành phố có trách nhiệm chỉ đạo các Chi cục Hải quan trực thuộc thực hiện kiểm tra chặt chẽ hồ sơ, đảm bảo không để xảy ra tình trạng lợi dụng hướng dẫn này để gian lận thương mại hoặc trốn thuế, đồng thời hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện khai bổ sung hoặc khắc phục sai sót theo đúng quy trình.

Công văn 588/TCHQ-GSQL đóng vai trò là cơ sở pháp lý tháo gỡ nút thắt lớn cho các doanh nghiệp sản xuất xuất khẩu và gia công. Quy định này giúp doanh nghiệp tránh được các tổn thất tài chính không đáng có từ việc bị bác bỏ hồ sơ hoàn thuế hoặc không thể thanh khoản nguyên liệu nhập khẩu, từ đó thúc đẩy hoạt động sản xuất và lưu thông hàng hóa thông suốt.