Công văn 5961/TCHQ-KTTT được Tổng cục Hải quan ban hành nhằm giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa nhập khẩu nhưng sau đó phải tái xuất. Văn bản này đưa ra những hướng dẫn cụ thể nhằm thống nhất thực hiện trong toàn ngành Hải quan, đảm bảo quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp và ngăn ngừa thất thu ngân sách nhà nước.

Phạm vi và đối tượng áp dụng

Văn bản áp dụng đối với cục hải quan các tỉnh, thành phố, các chi cục hải quan trực thuộc và các doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân tham gia hoạt động xuất nhập khẩu có phát sinh số thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu do hàng hóa phải tái xuất trả lại đối tác nước ngoài, tái xuất sang nước thứ ba hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan.

Thẩm quyền giải quyết hoàn trả thuế GTGT nộp thừa khâu nhập khẩu

Tổng cục Hải quan làm rõ nguyên tắc phân định thẩm quyền xử lý hoàn thuế GTGT giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế như sau:

• Cơ quan Hải quan thực hiện hoàn trả số thuế GTGT nộp thừa ở khâu nhập khẩu đối với trường hợp người nộp thuế đã nộp thuế GTGT cho cơ quan Hải quan nhưng hàng hóa nhập khẩu sau đó phải tái xuất ra nước ngoài hoặc xuất vào khu phi thuế quan và chưa đưa vào sử dụng, sản xuất, tiêu dùng tại Việt Nam.
• Trường hợp hàng hóa nhập khẩu đã được thông quan, đưa vào sản xuất, tiêu dùng hoặc đã kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào với cơ quan Thuế nội địa thì thẩm quyền giải quyết hoàn thuế thuộc về cơ quan Thuế quản lý trực tiếp theo quy định của pháp luật về thuế GTGT và quản lý thuế.

Điều kiện và thủ tục xử lý tiền thuế GTGT nộp thừa

Để được cơ quan Hải quan xem xét hoàn trả số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu, doanh nghiệp phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện chặt chẽ:

• Hàng hóa tái xuất phải đảm bảo còn nguyên trạng, chưa qua sử dụng, gia công hoặc chế biến tại thị trường nội địa.
• Doanh nghiệp phải cung cấp đầy đủ hồ sơ chứng minh nguồn gốc hàng hóa nhập khẩu ban đầu và tờ khai xuất khẩu đối chiếu tương ứng.
• Có văn bản cam kết chưa thực hiện kê khai, khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT đầu vào tại cơ quan Thuế nội địa đối với lô hàng tái xuất này.

Quy trình kiểm tra và phối hợp giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế

Nhằm tránh tình trạng hoàn thuế trùng lặp hoặc trục lợi chính sách, Tổng cục Hải quan yêu cầu các đơn vị thực hiện nghiêm túc quy trình phối hợp:

• Cơ quan Hải quan nơi tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế có trách nhiệm tra cứu hệ thống thông tin quản lý thuế để kiểm tra tình trạng kê khai thuế của doanh nghiệp.
• Trong trường hợp cần thiết, cơ quan Hải quan phải gửi văn bản trao đổi thông tin với cơ quan Thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp để xác nhận doanh nghiệp chưa kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với tờ khai nhập khẩu liên quan.
• Chỉ thực hiện quyết định hoàn thuế sau khi đã có kết quả xác minh rõ ràng, đảm bảo tính chính xác và hợp pháp của hồ sơ.

Hiệu lực và hướng dẫn tổ chức thực hiện

Công văn 5961/TCHQ-KTTT có hiệu lực hướng dẫn áp dụng ngay từ ngày ban hành. Tổng cục Hải quan yêu cầu Cục Hải quan các tỉnh, thành phố phổ biến quán triệt nội dung công văn đến toàn thể cán bộ công chức hải quan làm công tác quản lý thuế, đồng thời niêm yết công khai tại trụ sở cơ quan hải quan để các doanh nghiệp biết và thực hiện đúng quy định.