Thời gian gần đây, một số Cục thuế địa phương và một số doanh nghiệp nêu các vướng mắc trong việc hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại Thông tư số 122/2000/TT-BTC ngày 29/12/2000 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 79/2000/NĐ-CP ngày 29/12/2000 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế GTGT; Thông tư số 82/2002/TT-BTC ngày 18/9/2002 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số nội dung của Thông tư số 122/2000/TT-BTC ngày 29/12/2000 của Bộ Tài chính và các vướng mắc trong việc áp dụng Thông tư số 102/2002/TT-BTC ngày 11/11/2002 của Bộ Tài chính sửa đổi quy định khấu trừ thuế giá trị gia tăng đối với hàng hoá mua vào là nông sản, lâm sản, thuỷ sản chưa qua chế biến hướng dẫn tại Thông tư số 82/2002/TT-BTC ngày 18/9/2002 của Bộ Tài chính. Về vấn đề này, Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

1. Về hoàn thuế GTGT: Các trường hợp đề nghị hoàn thuế GTGT cho thời gian hàng hoá xuất khẩu trước ngày 1/10/2002 nếu có đủ hồ sơ, chứng từ chứng minh là hàng thực tế đã xuất khẩu theo quy định tại Thông tư số 122/2000/TT-BTC ngày 29/12/2000 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 79/2000/NĐ-CP ngày 29/12/2000 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế GTGT thì được hoàn thuế theo hướng dẫn tại Thông tư số 122/2000/TT-BTC. Các trường hợp đề nghị hoàn thuế cho thời gian hàng hoá xuất khẩu từ ngày 1/10/2002 trở đi thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 82/2002/TT-BTC ngày 18/9/2002 của Bộ Tài chính.

2. Các trường hợp hàng hoá thực tế đã xuất khẩu nhưng không có đủ hồ sơ, chứng từ chứng minh hàng hoá xuất khẩu được hưởng thuế suất 0% theo quy định tại Thông tư số 82/2002/TT-BTC thì không phải tính thuế GTGT đầu ra nhưng không được khấu trừ thuế, hoàn thuế GTGT đầu vào liên quan đến hàng hoá xuất khẩu. Thuế GTGT đầu vào được tính vào chi phí hoặc giá thành hàng hoá xuất khẩu.

3. Về khấu trừ thuế giá trị gia tăng đối với hàng hoá mua vào là nông sản, lâm sản, thuỷ sản chưa qua chế biến theo hướng dẫn tại Thông tư số 102/2002/TT-BTC ngày 11/11/2002 của Bộ Tài chính thực hiện như sau:

a. Không áp dụng khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo tỷ lệ % đối với hàng hoá mua vào là nông sản, lâm sản, thuỷ sản chưa qua chế biến của cơ sở sản xuất không chịu thuế GTGT ở khâu sản xuất có sử dụng hoá đơn bán hàng (hoá đơn thông thường; hoá đơn dùng cho các hộ sản xuất nông, lâm nghiệp).

b. Cơ sở sản xuất, chế biến nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế mua hàng hoá là nông sản, lâm sản, thuỷ sản chưa qua chế biến của người bán không có hoá đơn, của cơ sở sản xuất không chịu thuế GTGT ở khâu sản xuất (có sử dụng hoá đơn bán hàng hoặc hoá đơn GTGT) về để sản xuất, chế biến sản phẩm hàng hoá tiêu thụ nội địa được khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo tỷ lệ 1% trên giá trị hàng hoá mua vào theo bảng kê và hoá đơn mua hàng.

Công văn này áp dụng cho việc quyết toán thuế giá trị gia tăng năm 2002 và phù hợp với từng thời điểm thi hành tại các Thông tư hướng dẫn về thuế GTGT trong năm 2002. Các trường hợp đã xuất hoá đơn GTGT trái với hướng dẫn tại công văn này thì không phải điều chỉnh lại.

Bộ Tài chính thông báo để các Cục thuế biết và thực hiện.