Kính gửi: Cục Hải quan tỉnh Lào Cai.

Trả lời công văn số 770/HQLC-NV ngày 28/4/2014 của Cục Hải quan tỉnh Lào Cai về việc vướng mắc nghiệp vụ hoàn thuế và bù trừ tiền thuế. Tổng cục Hải quan có ý kiến như sau:

1. Về vướng mắc hồ sơ hoàn thuế:

Căn cứ quy định tại khoản 3 Điều 8 Nghị định 87/2012/NĐ-CP ngày 23/10/2014 quy định chi tiết một số điều của Luật hải quan về thủ tục hải quan điện tử đối với hàng hóa xuất khẩu: "Hồ sơ hải quan điện tử lưu giữ tại Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan có giá trị pháp lý để làm thủ tục hải quan và xử lý các tranh chấp". Theo quy định tại khoản 2 và 3 Điều 11 Thông tư 196/2012/TT-BTC (nay là khoản 2 và 3 Điều 12 Thông tư 22/2014/TT-BTC ngày 14/2/2014 của Bộ Tài chính) toàn bộ dữ liệu điện tử hải quan đối với tờ khai đã đăng ký nhưng phải hủy được lưu trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Do đó, Tổng cục Hải quan yêu cầu Cục Hải quan tỉnh Lào Cai sử dụng dữ liệu lưu giữ trên hệ thống để làm chứng từ chứng minh việc hủy tờ khai trong hồ sơ hoàn thuế của doanh nghiệp.

2. Về vướng mắc bù trừ tiền thuế gia tăng do nộp nhầm:

Theo quy định tại Điều 130 Thông tư 128/2013/TT-BTC ngày 10/9/2013 của Bộ Tài chính thì: "Trường hợp người nộp thuế nộp nhầm, nộp thừa thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu cho cơ quan hải quan trong năm ngân sách mà người nộp thuế hoặc cơ quan hải quan phát hiện thì thực hiện điều chỉnh theo mẫu số C1-07 ban hành kèm theo Thông tư số 08/2013/TT-BTC ngày 10/01/2013 của Bộ Tài chính), đồng thời người nộp thuế nộp bản chính giấy nộp tiền, cơ quan hải quan xác nhận, ký tên, đóng dấu đơn vị lên mặt trước bản chính của giấy nộp tiền vào ngân sách Nhà nước số tiền thuế giá trị gia tăng đã điều chỉnh sang khoản thuế khác chuyển Kho bạc Nhà nước điều chỉnh. Các trường hợp thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa khác cơ quan hải quan xác nhận số tiền thuế nộp nhầm, nộp thừa để cơ quan thuế thực hiện hoàn trả người nộp thuế theo quy định".

Như vậy, đối với số thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp thừa trong năm ngân sách, trước khi kết thúc thời hạn chỉnh lý quyết toán ngân sách năm đó, người nộp thuế có đề nghị điều chỉnh nộp thuế một lần cho nhiều tờ khai khác nhau đến khi hết số tiền nộp thừa, đồng thời lập bảng kê chi tiết các tờ khai được điều chỉnh đính kèm. Trong trường hợp số thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp thừa lớn hơn số thuế phải nộp của các tờ khai được thực hiện điều chỉnh, thì cơ quan hải quan điều chỉnh khoản lớn hơn dồn sang một tờ khai cụ thể trong danh sách các tờ khai được điều chỉnh trên và thực hiện hoàn hoặc điều chỉnh tiếp cho các tờ khai khác từ tờ khai đó theo đề nghị của doanh nghiệp.

Tổng cục Hải quan trả lời để Cục Hải quan tỉnh Lào Cai biết và thực hiện./.