Công văn 655/TCHQ-TXNK năm 2015 do Tổng cục Hải quan ban hành nhằm tháo gỡ các vướng mắc thực tế phát sinh trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan điện tử, tập trung vào công tác quản lý thuế xuất nhập khẩu, xác định trị giá hải quan, phân loại hàng hóa và xử lý dữ liệu thanh toán điện tử.

1. Tháo gỡ vướng mắc trong khai báo hải quan điện tử và mã loại hình

Nhằm đảm bảo quá trình thông quan diễn ra liên tục, tránh ách tắc tại các cửa khẩu, Tổng cục Hải quan hướng dẫn xử lý các tình huống phát sinh khi người khai hải quan thực hiện giao dịch điện tử:

• Xử lý sai sót mã loại hình: Trường hợp doanh nghiệp khai báo sai mã loại hình do nhầm lẫn trên hệ thống điện tử, cơ quan hải quan xem xét cho phép hủy tờ khai hoặc thực hiện khai sửa đổi, bổ sung thông tin theo đúng quy định nếu đáp ứng đủ điều kiện kiểm tra thực tế hàng hóa và chưa phát hiện vi phạm gian lận.
• Khai sửa đổi, bổ sung hồ sơ: Việc sửa đổi, bổ sung chứng từ điện tử phải tuân thủ nghiêm ngặt thời hạn trước khi cơ quan hải quan thông báo quyết định kiểm tra trực tiếp hồ sơ hoặc kiểm tra thực tế hàng hóa.

2. Quy trình xử lý thuế, chứng từ nộp tiền và hoàn trả tiền nộp thừa

Công văn cung cấp chỉ đạo chi tiết nhằm đảm bảo quyền lợi của người nộp thuế và tính chính xác của dữ liệu thu nộp ngân sách nhà nước:

• Xác nhận chứng từ nộp thuế điện tử: Trong trường hợp người nộp thuế đã chuyển tiền qua ngân hàng thương mại đã kết nối với cổng thanh toán điện tử hải quan nhưng hệ thống VNACCS/VCIS chưa gạch nợ tự động, Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai căn cứ vào giấy nộp tiền có xác nhận của ngân hàng để kiểm tra, đối chiếu và thực hiện xác nhận thông quan kịp thời cho doanh nghiệp.
• Bù trừ và hoàn trả tiền thuế nộp thừa: Các khoản tiền thuế, tiền chậm nộp hoặc tiền phạt nộp thừa do khai báo điều chỉnh giảm hoặc do nhầm lẫn trong quá trình nộp điện tử được xử lý bù trừ vào nghĩa vụ thuế của tờ khai tiếp theo hoặc hoàn trả theo quy định của Luật Quản lý thuế.

3. Kiểm tra trị giá hải quan và áp mã phân loại hàng hóa

Tổng cục Hải quan yêu cầu các đơn vị Hải quan địa phương tuân thủ nguyên tắc quản lý rủi ro trong kiểm tra hải quan điện tử:

• Xác định trị giá tính thuế: Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra trị giá khai báo dựa trên cơ sở dữ liệu danh mục rủi ro trị giá. Trường hợp có nghi vấn về mức giá khai báo, tiến hành chuyển luồng để tham vấn hoặc kiểm tra sau thông quan theo đúng trình tự pháp luật.
• Thống nhất mã số HS: Việc phân loại hàng hóa phải dựa trên hồ sơ kỹ thuật, thực tế hàng hóa và Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu Việt Nam. Trường hợp có sự không thống nhất về mã số thuế giữa các địa phương, các Cục Hải quan phải báo cáo Tổng cục Hải quan để có hướng dẫn áp mã thống nhất trên toàn quốc.

4. Tổ chức thực hiện và trách nhiệm của cơ quan hải quan các cấp

• Đôi với Cục Hải quan các tỉnh, thành phố: Tăng cường rà soát, tổng hợp kịp thời các lỗi phát sinh từ hệ thống phần mềm hải quan điện tử; không tự ý đặt ra các thủ tục hành chính gây phiền hà cho doanh nghiệp; phối hợp chặt chẽ với các ngân hàng thương mại trên địa bàn để xử lý vướng mắc về thanh toán.
• Đối với doanh nghiệp xuất nhập khẩu: Cần chủ động kiểm tra kỹ thông tin khai báo trước khi truyền dữ liệu, theo dõi phản hồi của hệ thống hải quan và phối hợp cung cấp đầy đủ chứng từ giải trình khi có yêu cầu kiểm tra từ cơ quan hải quan.