Căn cứ ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Công văn số 2315/VPCP-KTTH ngày 13/5/2003 của Văn phòng Chính phủ về thuế đối với hàng hoá cung cấp cho Dự án "Thí điểm bữa trưa học đường cho học sinh tiểu học các vùng khó khăn", Bộ Tài chính hướng dẫn cụ thể phạm vi áp dụng và thủ tục để được áp dụng thuế GTGT và thuế nhập khẩu nguyên liệu, vật tư như đối với trường hợp xuất khẩu tại chỗ như sau:

1. Các doanh nghiệp sản xuất trong nước có ký hợp đồng với tổ chức đại diện do Bộ Nông nghiệp Hoa Kỳ chỉ định hoặc uỷ quyền (gọi tắt là thương nhân nước ngoài) để sản xuất sữa, nước uống, bánh và các sản phẩm khác cung cấp cho các trường tiểu học theo chỉ định của thương nhân nước ngoài thuộc dự án "Bữa trưa học đường" do Bộ Nông nghiệp Hoa Kỳ tài trợ được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0% đối với sản phẩm cung cấp cho dự án và được xét hoàn lại thuế nhập khẩu (nếu có) đối với phần vật tư, nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất sản phẩm cung cấp cho dự án như trường hợp xuất khẩu tại chỗ.

2. Điều kiện và thủ tục để được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0% đối với sản phẩm cung cấp cho dự án.

- Hợp đồng mua bán sản phẩm cho dự án bữa trưa học đường ký giữa doanh nghiệp sản xuất trong nước với thương nhân nước ngoài.

- Hoá đơn GTGT xuất giao cho thương nhân nước ngoài, trên hoá đơn GTGT phải ghi rõ tên thương nhân nước ngoài, tên các trường nhận hàng và địa điểm giao hàng. Giấy biên nhận số lượng hàng hoá của các trường tiểu học.

- Chứng từ thanh toán tiền hàng với thương nhân nước ngoài qua Ngân hàng và thanh toán bằng ngoại tệ tự do chuyển đổi.

Đối với số thuế GTGT đầu vào của vật tư, nguyên liệu mua vào hoặc nhập khẩu để sản xuất sản phẩm cung cấp cho dự án được khấu trừ vào số thuế GTGT đầu ra của các hoạt động kinh doanh khác (nếu có) của doanh nghiệp. Trường hợp quá 3 tháng mà doanh nghiệp vẫn chưa khấu trừ hết số thuế GTGT đầu vào thì doanh nghiệp làm thủ tục hồ sơ đề nghị cơ quan thuế hoàn thuế theo quy định.

Trường hợp các doanh nghiệp không có đủ thủ tục, hồ sơ nêu trên thì không được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0%, doanh nghiệp phải thực hiện nộp thuế GTGT theo quy định của Luật thuế GTGT.

3. Điều kiện, thủ tục về thuế nhập khẩu:

a. Doanh nghiệp nhập khẩu vật tư, nguyên liệu để sản xuất sản phẩm cung cấp cho dự án "Bữa trưa học đường" được miễn thuế nhập khẩu tương ứng đối với phần vật tư, nguyên liệu để sản xuất sản phẩm cung cấp cho dự án và phải có đầy đủ thủ tục hồ sơ sau:

- Định mức tiêu hao nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất một đơn vị sản phẩm cung cấp cho dự án. Giám đốc doanh nghiệp chịu trách nhiệm về cơ sở pháp lý, tính chính xác đúng đắn của bản định mức. Bản định mức này phải được thương nhân nước ngoài ký hợp đồng mua sản phẩm cho dự án "Bữa trưa học đường" xác nhận và phải đăng ký với cơ quan Hải quan.

- Tờ khai Hải quan nguyên liệu, vật tư nhập khẩu.

- Thông báo nộp thuế nhập khẩu.

- Hợp đồng uỷ thác nhập khẩu (nếu là hàng nhập khẩu uỷ thác)

- Hợp đồng cung cấp sản phẩm cho dự án "Bữa trưa học đường" giữa doanh nghiệp sản xuất trong nước ký với thương nhân nước ngoài.

Sau 9 tháng (được tính tròn là 275 ngày theo lịch) kể từ ngày cơ quan Hải quan thông báo thuế, doanh nghiệp sản xuất sản phẩm cung cấp cho dự án "Bữa trưa học đường" phải đến cơ quan Hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để quyết toán số lượng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu đã sử dụng sản xuất sản phẩm cho dự án "Bữa trưa học đường" và số thuế nhập khẩu tương ứng với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu đã sử dụng. Khi quyết toán thuế phải cung cấp cho cơ quan Hải quan hoá đơn bán hàng cho dự án và giấy biên nhận số lượng hàng hoá của các trường tiểu học (bản photocopy hoá đơn bán hàng và giấy biên nhận có đóng dấu và xác nhận của doanh nghiệp).

b. Trường hợp doanh nghiệp đã nộp thuế nhập khẩu cho số nguyên liệu, vật tư nhập khẩu dùng để sản xuất sản phẩm cho dự án "Bữa trưa học đường" thì ngoài các điều kiện thủ tục, hồ sơ nêu tại điểm a mục này, doanh nghiệp phải xuất trình cho cơ quan Hải quan (nơi làm thủ tục nhập khẩu vật tư, nguyên liệu) thêm các hồ sơ sau:

- Công văn đề nghị hoàn lại thuế nhập khẩu đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu sử dụng sản xuất sản phẩm cung cấp cho dự án;

- Bản quyết toán số nguyên liệu, vật tư đã sử dụng sản xuất sản phẩm cho dự án "Bữa trưa học đường".

- Biên lai nộp thuế nhập khẩu;

- Hoá đơn bán hàng cho dự án và giấy biên nhận số lượng hàng hoá của các trường tiểu học (bản photocopy hoá đơn và giấy biên nhận có đóng dấu và xác nhận của doanh nghiệp).

Cơ quan Hải quan căn cứ vào các chứng từ nêu trên kiểm tra và hoàn lại số thuế đã nộp cho doanh nghiệp.

c. Trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư về đem bán hoặc sử dụng không đúng mục đích đã được miễn thuế, hoàn thuế nhập khẩu thì phải truy hoàn số thuế nhập khẩu được miễn thuế, được hoàn thuế và bị phạt vi phạm hành chính về thuế theo pháp luật hiện hành.

Bộ Tài chính thông báo để các cơ quan biết và thực hiện.