Công văn 980/TCT-CS năm 2016 do Tổng cục Thuế ban hành hướng dẫn chi tiết về việc áp dụng phương pháp tính thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các doanh nghiệp, hợp tác xã và tổ chức kinh tế trên phạm vi toàn quốc.

1. Đối tượng và phương pháp áp dụng thuế GTGT

Công văn hướng dẫn và làm rõ các nguyên tắc xác định phương pháp tính thuế GTGT (phương pháp khấu trừ hoặc phương pháp trực tiếp) căn cứ vào doanh thu hàng năm và việc thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ của người nộp thuế:

• Phương pháp khấu trừ: Áp dụng đối với cơ sở kinh doanh có doanh thu hàng năm từ 1 tỷ đồng trở lên (trừ hộ, cá nhân kinh doanh) hoặc cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
• Phương pháp trực tiếp: Áp dụng đối với cơ sở kinh doanh có doanh thu hàng năm dưới 1 tỷ đồng (trừ trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ), hộ và cá nhân kinh doanh, hoặc tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh không có cơ sở thường trú tại Việt Nam.

2. Quy định về việc nộp Mẫu 06/GTGT để đăng ký phương pháp tính thuế

Tổng cục Thuế hướng dẫn cụ thể về việc đăng ký và chuyển đổi phương pháp tính thuế thông qua Mẫu 06/GTGT (Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT):

• Thời hạn nộp Mẫu 06/GTGT: Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập hoặc cơ sở kinh doanh đang hoạt động có doanh thu dưới 1 tỷ đồng muốn chuyển đổi/đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ phải gửi Mẫu 06/GTGT tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo đúng thời hạn quy định.
• Xử lý trường hợp không nộp hoặc nộp chậm Mẫu 06/GTGT: Cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng áp dụng phương pháp khấu trừ theo quy định tự nguyện nhưng không nộp Mẫu 06/GTGT đúng thời hạn sẽ phải áp dụng phương pháp tính thuế trực tiếp trên GTGT theo đúng quy định của pháp luật thuế.

3. Trách nhiệm của Cơ quan Thuế và Doanh nghiệp

• Đối với Cơ quan Thuế: Có trách nhiệm đẩy mạnh công tác tuyên truyền, hướng dẫn, tiếp nhận, rà soát và kiểm tra việc thực hiện kê khai phương pháp tính thuế GTGT của người nộp thuế, đảm bảo áp dụng thống nhất và đúng pháp luật.
• Đối với Người nộp thuế: Chủ động rà soát điều kiện thực tế, mức doanh thu và nộp đầy đủ văn bản thông báo Mẫu 06/GTGT đúng hạn để đảm bảo quyền lợi trong việc kê khai, khấu trừ và hoàn thuế GTGT.