Công văn của Tổng cục Thuế hướng dẫn về các thủ tục áp dụng đối với hàng hóa xuất khẩu nhằm thống nhất thực hiện các quy định về thuế giá trị gia tăng (GTGT), thủ tục hải quan và hồ sơ chứng minh đối với hàng hóa xuất khẩu ra nước ngoài hoặc vào khu phi thuế quan.

Văn bản áp dụng đối với các doanh nghiệp, tổ chức có hoạt động xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ; các cơ quan thuế địa phương thực hiện công tác quản lý, kiểm tra, giám sát thuế và các tổ chức, cá nhân khác có liên quan đến hoạt động xuất nhập khẩu.

• Có hợp đồng bán, gia công hàng hóa xuất khẩu; hợp đồng ủy thác xuất khẩu hoặc hợp đồng cung ứng dịch vụ ký kết với tổ chức, cá nhân nước ngoài hoặc tổ chức trong khu phi thuế quan theo đúng quy định của pháp luật.
• Có chứng từ thanh toán tiền hàng hóa xuất khẩu qua ngân hàng và các chứng từ khác theo quy định của pháp luật về quản lý thuế và ngoại hối.
• Có tờ khai hải quan đã hoàn thành thủ tục hải quan theo quy định của pháp luật hải quan, trừ các trường hợp đặc biệt được pháp luật cho phép không cần tờ khai hải quan.

• Tiền thanh toán từ nước ngoài phải được chuyển từ tài khoản của bên mua nước ngoài mở tại ngân hàng nước ngoài vào tài khoản của bên bán Việt Nam mở tại ngân hàng được phép hoạt động tại Việt Nam.
• Các trường hợp thanh toán bù trừ giữa hàng hóa xuất khẩu với hàng hóa nhập khẩu, hoặc thanh toán ủy thác qua bên thứ ba phải được quy định rõ trong hợp đồng xuất khẩu và có đầy đủ chứng từ đối chiếu công nợ, chứng từ chuyển khoản hợp lệ.
• Trường hợp phía nước ngoài thanh toán bằng tiền mặt hoặc các hình thức thanh toán không qua ngân hàng khác chỉ được chấp nhận trong một số trường hợp đặc thù theo quy định của Bộ Tài chính và phải có chứng từ chứng minh nguồn gốc dòng tiền rõ ràng.

• Doanh nghiệp phải lập Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu quy định, kèm theo bảng kê các tờ khai hải quan, hợp đồng xuất khẩu và chứng từ thanh toán qua ngân hàng để làm cơ sở đối chiếu.
• Cơ quan thuế thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế thành hai nhóm: "Hoàn thuế trước, kiểm tra sau" đối với các doanh nghiệp có lịch sử tuân thủ pháp luật thuế tốt; và "Kiểm tra trước, hoàn thuế sau" đối với các doanh nghiệp thuộc nhóm rủi ro cao hoặc mới hoạt động xuất khẩu.
• Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế được thực hiện nghiêm túc theo quy định của Luật Quản lý thuế hiện hành kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ của người nộp thuế.

• Đối với trường hợp tờ khai hải quan có sai sót về mặt kỹ thuật hoặc thông tin không khớp với hợp đồng, doanh nghiệp cần chủ động liên hệ với cơ quan hải quan để thực hiện khai bổ sung và xuất trình giải trình hợp lý với cơ quan thuế trực tiếp quản lý.
• Trường hợp chậm thanh toán qua ngân hàng do đối tác nước ngoài gặp khó khăn tài chính, doanh nghiệp phải có văn bản gia hạn thời hạn thanh toán kèm theo các chứng từ chứng minh để cơ quan thuế xem xét giãn thời gian hoàn thuế hoặc khấu trừ thuế tương ứng.

Văn bản hướng dẫn có hiệu lực áp dụng theo các quy định pháp luật về thuế GTGT và quản lý thuế hiện hành. Tổng cục Thuế yêu cầu Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương phổ biến rộng rãi đến người nộp thuế, đồng thời tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra để ngăn chặn các hành vi gian lận, trục lợi tiền hoàn thuế từ ngân sách nhà nước.