Công văn số 1063/TCHQ-KTTT do Tổng cục Hải quan ban hành nhằm giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện đăng ký danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế của các doanh nghiệp và cơ quan hải quan địa phương. Văn bản đưa ra các hướng dẫn chi tiết nhằm thống nhất quy trình thực hiện, tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động xuất nhập khẩu nhưng vẫn đảm bảo công tác quản lý thuế chặt chẽ.

- Địa điểm và thẩm quyền đăng ký danh mục hàng hóa miễn thuế

• Cá nhân, tổ chức thực hiện đăng ký danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế tại Cục Hải quan nơi có dự án hoặc nơi đóng trụ sở chính đối với các dự án không cố định, hoặc tại Chi cục Hải quan được phân cấp quản lý.
• Đối với các dự án được thực hiện trên nhiều địa bàn tỉnh, thành phố khác nhau, chủ đầu tư có quyền lựa chọn đăng ký danh mục tại một trong các Cục Hải quan nơi thực hiện dự án để thuận tiện cho việc theo dõi và trừ lùi.

- Quy trình tiếp nhận và xử lý hồ sơ của cơ quan Hải quan

• Cơ quan Hải quan có trách nhiệm kiểm tra tính đầy đủ, hợp lệ của hồ sơ đăng ký danh mục miễn thuế do người khai hải quan nộp qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hoặc hồ sơ giấy (trong trường hợp hệ thống gặp sự cố).
• Thời hạn giải quyết hồ sơ được thực hiện nghiêm túc theo quy định pháp luật hiện hành, đảm bảo không kéo dài thời gian gây ảnh hưởng đến tiến độ nhập khẩu hàng hóa của doanh nghiệp.
• Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ hoặc cần làm rõ thông tin, cơ quan Hải quan phải thông báo bằng văn bản hoặc qua hệ thống điện tử để doanh nghiệp kịp thời bổ sung, giải trình.

- Hướng dẫn sửa đổi, bổ sung danh mục hàng hóa miễn thuế

• Doanh nghiệp được phép sửa đổi, bổ sung danh mục hàng hóa miễn thuế đã đăng ký trước thời điểm nhập khẩu lô hàng đầu tiên thuộc danh mục đó hoặc khi phát sinh nhu cầu thay đổi thực tế của dự án.
• Việc sửa đổi, bổ sung phải kèm theo các tài liệu chứng minh lý do thay đổi và phải được cơ quan Hải quan nơi đăng ký danh mục ban đầu phê duyệt, cập nhật kịp thời trên hệ thống để phục vụ việc trừ lùi.

- Quản lý phiếu theo dõi trừ lùi và cơ chế phối hợp

• Đối với hàng hóa nhập khẩu miễn thuế phải thực hiện trừ lùi, cơ quan Hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu có trách nhiệm cập nhật đầy đủ thông tin lượng hàng hóa thực tế nhập khẩu vào Phiếu theo dõi trừ lùi trên hệ thống điện tử.
• Trường hợp thực hiện thủ tục thủ công (phiếu trừ lùi giấy), Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu phải ký xác nhận, đóng dấu và ghi rõ lượng hàng đã nhập khẩu, đồng thời gửi phản hồi cho đơn vị hải quan nơi cấp danh mục để theo dõi, đối chiếu.
• Tăng cường sự phối hợp, trao đổi thông tin nhanh chóng giữa Cục Hải quan các tỉnh, thành phố nhằm phát hiện và ngăn chặn kịp thời các hành vi lợi dụng chính sách miễn thuế để trục lợi hoặc nhập khẩu sai đối tượng, sai số lượng được duyệt.