Công văn số 1553/TCT-DNNN do Tổng cục Thuế ban hành hướng dẫn về việc khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các hóa đơn đã quá thời hạn 3 tháng. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm giải quyết các vướng mắc của doanh nghiệp trong việc xử lý các hóa đơn đầu vào bị bỏ sót hoặc kê khai chậm trễ so với thời hạn quy định của pháp luật về thuế tại thời điểm ban hành.

Đối tượng áp dụng của công văn này bao gồm các doanh nghiệp, tổ chức kinh tế (đặc biệt là các doanh nghiệp nhà nước) có phát sinh hóa đơn GTGT mua vào nhưng chưa thực hiện kê khai khấu trừ trong thời hạn quy định, cùng các cơ quan thuế các cấp chịu trách nhiệm quản lý, thanh tra và giải quyết quyền lợi thuế cho người nộp thuế.

• Theo quy định pháp luật về thuế GTGT tại thời điểm hướng dẫn, cơ sở kinh doanh phải thực hiện kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của tháng nào thì kê khai, khấu trừ vào kỳ tính thuế của tháng đó.
• Trường hợp hóa đơn GTGT đầu vào phát sinh trong tháng nhưng chưa kịp kê khai thì doanh nghiệp được kê khai, khấu trừ bổ sung vào các tháng tiếp theo, nhưng thời gian chậm trễ tối đa không quá 3 tháng kể từ tháng phát sinh hóa đơn.
• Đối với các hóa đơn đã quá thời hạn 3 tháng nêu trên, về nguyên tắc chung, doanh nghiệp sẽ không được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của các hóa đơn này.

• Trong một số trường hợp đặc biệt do nguyên nhân khách quan dẫn đến việc chậm trễ kê khai (như do thiên tai, hỏa hoạn, tai nạn bất ngờ, lỗi từ phía nhà cung cấp gửi chậm hóa đơn, hoặc do cơ quan nhà nước có thẩm quyền tạm giữ hồ sơ tài liệu để phục vụ công tác điều tra, thanh tra...), doanh nghiệp có thể được xem xét giải quyết cho khấu trừ thuế.
• Doanh nghiệp phải có văn bản giải trình rõ ràng, chi tiết gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp, trong đó chứng minh được tính khách quan và bất khả kháng của việc chậm trễ kê khai hóa đơn.
• Các giao dịch mua bán liên quan đến hóa đơn quá hạn phải đảm bảo là giao dịch có thật, hóa đơn hợp pháp, hợp lệ và có đầy đủ chứng từ thanh toán theo quy định (đặc biệt là chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các hóa đơn có giá trị lớn).

• Doanh nghiệp cần lập hồ sơ gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp, bao gồm: Văn bản giải trình lý do quá hạn kê khai; Bản sao các hóa đơn GTGT quá hạn đề nghị khấu trừ; Hợp đồng mua bán hàng hóa, dịch vụ; Biên bản giao nhận hàng hóa hoặc nghiệm thu dịch vụ; Chứng từ thanh toán thực tế.
• Cơ quan thuế trực tiếp quản lý có trách nhiệm tiến hành kiểm tra, xác minh tính xác thực của hồ sơ. Nếu xác định rõ hàng hóa, dịch vụ mua vào đã được sử dụng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT và lý do chậm trễ là hoàn toàn khách quan, cơ quan thuế sẽ báo cáo cấp có thẩm quyền để xem xét, giải quyết cho doanh nghiệp được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

• Đối với những hóa đơn GTGT quá hạn 3 tháng không được cơ quan thuế chấp nhận cho khấu trừ thuế đầu vào, doanh nghiệp không được kê khai số thuế này vào tờ khai thuế GTGT để khấu trừ.
• Tuy nhiên, phần thuế GTGT không được khấu trừ này sẽ được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), hoặc được tính vào nguyên giá của tài sản cố định nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện ghi nhận tài sản theo quy định của pháp luật về thuế TNDN hiện hành.

Hiệu lực áp dụng của hướng dẫn tại Công văn số 1553/TCT-DNNN gắn liền với các quy định về thời hạn kê khai hóa đơn GTGT tại thời điểm ban hành. Hiện nay, các quy định về thời hạn kê khai hóa đơn bỏ sót đã có nhiều thay đổi thông qua Luật Quản lý thuế và các Thông tư hướng dẫn mới (cho phép người nộp thuế được kê khai bổ sung hóa đơn bỏ sót vào bất kỳ thời điểm nào trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế). Do đó, doanh nghiệp cần chủ động đối chiếu giữa hướng dẫn tại công văn này và các quy định pháp luật hiện hành để áp dụng chính xác nhất.