Công văn số 3125/TCT-PCCS của Tổng cục Thuế hướng dẫn chi tiết về các chính sách ưu đãi thuế áp dụng đối với dự án đầu tư xây dựng cầu Phú Mỹ theo hình thức Xây dựng - Kinh doanh - Chuyển giao (BOT). Đây là văn bản pháp lý quan trọng giải quyết các vướng mắc về thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế giá trị gia tăng, thuế nhập khẩu và tiền thuê đất nhằm hỗ trợ chủ đầu tư triển khai dự án hạ tầng giao thông trọng điểm.

1. Chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)

Tổng cục Thuế đưa ra các hướng dẫn cụ thể về việc áp dụng ưu đãi thuế TNDN đối với doanh nghiệp thực hiện dự án BOT cầu Phú Mỹ:

• Thuế suất ưu đãi: Doanh nghiệp dự án được áp dụng mức thuế suất thuế TNDN ưu đãi theo quy định của pháp luật về đầu tư và thuế TNDN tại thời điểm ký kết hợp đồng BOT.
• Miễn, giảm thuế TNDN: Doanh nghiệp được hưởng chế độ miễn thuế TNDN trong một thời gian nhất định kể từ khi phát sinh thu nhập chịu thuế và giảm 50% số thuế phải nộp trong các năm tiếp theo, áp dụng theo khung ưu đãi cao nhất dành cho lĩnh vực đặc biệt khuyến khích đầu tư.
• Nguyên tắc hạch toán: Doanh nghiệp phải thực hiện hạch toán riêng doanh thu và chi phí của hoạt động dự án BOT được hưởng ưu đãi để làm cơ sở tính thuế và áp dụng miễn, giảm thuế chính xác.

2. Chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT)

Về thuế GTGT đối với các hoạt động xây dựng và vận hành dự án BOT cầu Phú Mỹ:

• Khấu trừ và hoàn thuế GTGT đầu vào: Doanh nghiệp dự án được kê khai, khấu trừ và hoàn thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho quá trình đầu tư xây dựng, hình thành tài sản cố định của dự án.
• Thuế GTGT đầu ra: Hoạt động thu phí sử dụng đường bộ (phí qua cầu) khi dự án đi vào khai thác thương mại được xác định thuế suất thuế GTGT theo đúng quy định của pháp luật về thuế GTGT hiện hành đối với dịch vụ đường bộ.

3. Ưu đãi về thuế nhập khẩu và tiền thuê đất

Các chính sách ưu đãi khác nhằm giảm bớt gánh nặng tài chính cho nhà đầu tư BOT bao gồm:

• Miễn thuế nhập khẩu: Miễn thuế nhập khẩu đối với máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải chuyên dùng nằm trong dây chuyền công nghệ nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án, hoặc nguyên liệu, vật tư trong nước chưa sản xuất được phục vụ trực tiếp cho hoạt động xây dựng công trình.
• Miễn, giảm tiền thuê đất: Doanh nghiệp dự án BOT được miễn hoặc giảm tiền thuê đất, tiền sử dụng đất đối với phần diện tích đất được Nhà nước giao hoặc cho thuê để thực hiện dự án cầu Phú Mỹ theo quy định của pháp luật đất đai.

4. Tổ chức thực hiện và trách nhiệm của các bên

Để đảm bảo việc thực thi chính sách thuế đúng quy định, Tổng cục Thuế yêu cầu:

• Cục Thuế địa phương: Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh có trách nhiệm theo dõi, hướng dẫn và kiểm tra việc thực hiện nghĩa vụ thuế, áp dụng các chính sách ưu đãi thuế đối với doanh nghiệp dự án BOT cầu Phú Mỹ, đảm bảo đúng đối tượng và điều kiện quy định.
• Doanh nghiệp dự án: Có trách nhiệm tuân thủ nghiêm túc các quy định về hóa đơn, chứng từ, kê khai thuế đầy đủ, trung thực và kịp thời gửi các báo cáo liên quan đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp.